En la Copa Libertadores del año 2003, Boca Juniors se enfrentó al Barcelona de Ecuador. El primer partido disputado en la Bombonera terminó 2-1 para el equipo dirigido, en ese entonces, por Carlos Bianchi. Mientras que el encuentro en Ecuador fue 2 a 2. Boca, que luego ganó ese torneo.
Dos años después, también en el torneo continental, el Xeneize se enfrentó al Deportivo Cuenca. La ida fue 0 a 0 en la ciudad de Cuenca. En el estadio del conjunto azul y oro la historia terminó 3 a 0, con dos goles de Andrés Guglielminpietro y uno de Martín Palermo.
Pasaron tres años hasta que Boca tuvo que enfrentar a otro equipo ecuatoriano, fue ante Liga de Quito, pero esta vez por Copa Sudamericana. El partido de ida fue en Buenos Aires y terminó 4 a 0 a favor del Xeneize. La vuelta, disputada en la Casa Blanca, terminó 0 a 1 a favor del equipo de la Ribera.
En la edición 2009, de la Copa Libertadores, Boca enfrentó al Deportivo Cuenca, de nuevo. Ambos partidos terminaron 1 a 0, el primero lo ganó el Xeneize y el segundo fue para el Cuenca, esta fue la única derrota del equipo azul y oro ante un equipo ecuatoriano.
En la Copa Libertadores 2013, el conjunto que tenía a Carlos Bianchi nuevamente a la cabeza, se enfrentó por segunda vez al Barcelona de Ecuador. Ambos partidos fueron a favor del equipo Xeneize, primero en el Monumental, Boca venció 2 a 1 a su rival, luego una vez más lo derrotó por 1 a 0 en la Bombonera.