El segundo ciclo de Daniel Díaz con la camiseta azul y oro llegó a su fin luego de quedar afuera de la Copa Libertadores a manos de Independiente del Valle. El capitán confirmó que no seguirá en el club y que, si llega a un acuerdo, volverá a ponerse la vestimenta del Getafe. A continuación, sus estadísticas en encuentros oficiales del último semestre.

El año no arrancó de la mejor manera para el equipo que por aquel entonces conducía Rodolfo Arruabarrena. Tras un pésimo torneo de verano y un pálido comienzo del Torneo de Transición, llegó el turno de disputar la Supercopa Argentina contra San Lorenzo. El Cata fue titular y jugó todo el partido, en lo que sería una de las derrotas más duras de la historia reciente del Xeneize. Fue derrota por 4 a 0 y las críticas llovieron para todos, aunque la defensa fue un poco más cuestionada.

En el marco del campeonato local, Boca nunca fue protagonista. No pudo pelear en los puestos de arriba en las primeras cinco fechas que estuvo el Vasco y ya con la llegada de Guillermo Barros Schelotto la mira estuvo puesta en la Libertadores. En el certamen doméstico, el capitán disputó un total de ocho partidos. Siete fueron como titular y uno –frente a Defensa y Justicia en la última jornada- ingresando desde el banco, sumando 646 minutos y sin anotar goles.

La ilusión de obtener la séptima Copa Libertadores  seguía intacta a medida que el cuadro boquense avanzaba de ronda aunque sin demostrar un juego vistoso. En la vuelta de los cuartos de final frente a Nacional de Montevideo, el catamarqueño anotó un gol en contra, pero tuvo revancha rápidamente al convertir en la tanda de penales que clasificó a su equipo.

Luego del receso por la Copa América Centenario, siguió firme la dupla Díaz-Insaurralde debido a que el pedido de Guillermo de poder contar en sus filas con Gustavo Gómez (Lanús) no fue cumplido.

Las semifinales del torneo continental frente a Independiente del Valle no fueron como se esperaba. El equipo jugó mal y sufrió cinco goles en dos partidos, con errores defensivos en cada uno de ellos. La eliminación trajo consigo fuertes cuestionamientos para todos, pero con una carga mayor para los referentes. Esto le abrió la puerta de salida al Cata Díaz, que participó 925 minutos en once partidos y no marcó goles.

Días antes de la mencionada derrota ante los ecuatorianos, el defensor fue parte de la victoria 4-0 ante Güemes (SdE) por Copa Argentina, disputando los 90 minutos.

En total, en el año 2016 y por competencias oficiales, Daniel Díaz vistió la camiseta de Boca en 21 oportunidades. Completó 19, salió reemplazado en uno e ingresó en otro. En esta cantidad de encuentros, los de la Ribera sumaron ocho victorias, ocho empates y cinco derrotas. El zaguero jugó 1751 minutos, en los cuales no anotó goles ni fue expulsado.