Su debut en Boca Juniors fue el 30 de agosto de 1997 frente a Platense. En el club xeneize logró gran cantidad de títulos, entre ellos: Torneo Clausura 1999, dos Torneos Apertura 1998 y 2000, dos Copas Libertadores de América 2000 y 2001, por último se coronó campeón de la Copa Intercontinental del 2000.
El ex futbolista colombiano posee palabra autorizada en Boca, por lo que brindó su postura relacionada a lo acontecido recientemente en el club.
En desacuerdo con la licencia otorgada a Carlos Tevez expresó: "Guillermo como cabeza de grupo debe explicar por qué se le dio licencia a Tevez". Al mismo tiempo criticó la medida adoptada por el delantero y dijo: "No me hubiera ido a jugar al golf. Tú eres un referente". "Bianchi no le daba privilegios a nadie" agregó Córdoba.
Por este motivo comenzaron a circular ciertos rumores relacionados a que en el grupo no habían tomado de la mejor manera la licencia aprobada por Angelici principalmente. En relación a ésto mencionó: "Por estos privilegios (con Tevez), es obvio que hay malestar en el vestuario".
"Esto es Boca, si no llegás a jugar la final, es fracaso" aseguró el oriundo de Santiago de Cali, refiriéndose a la eliminación de la Copa Libertadores.
Una de las situaciones primordiales que se encuentra atravesando el club de la Ribera, es la posible partida de Agustín Orion, actual titular de Boca Juniors. Por este acontecimiento, recomendó: "Yo buscaría a Armani, te gana partidos. Si tu pagas lo que paga Boca, compra un buen arquero".