Mariano Andújar no arrancó el año 2016 de la mejor manera, ya que en el clásico platense del último verano ante Gimnasia, el arquero se agarró a golpes con el futbolista Nicolás Mazzola, pero logró redimirse de esa mala imagen ya que tuvo un buen campeonato con el Pincharrata en cuanto al rendimiento deportivo.
El portero de 32 años de edad, volvió al arco Albirrojo oficialmente el 5/3/2016 cuando el conjunto dirigido tácticamente por Nélson Vivas cayó en Parque Patricios ante Huracán por 1 a 0.
Con ese cotejo, el arquero disputó 11 partidos cómo titular en los que completó 1080 minutos en cancha en el Torneo de transición del fútbol argentino, reicibió siete goles y fue amonestado en el partido ante Newell´s Old Boys.
Pudo mantener la valla invicta en seis ocasiones y llegó a dejar el arco propio con cero goles en contra por 381 minutos consecutivos en el certamen. Desde el cotejo que Estudiantes jugó ante Atlético Tucumán, en donde en el minuto 88 sufrió el gol de Cristian Menéndez, Andújar sostuvo esa marca (en el triunfo por 2 a 0 ante San Martín de San Juan, en el clásico platense disputado en el Bosque contra el Lobo que fue 0 a 0, y en los empates en cero ante Newell´s y Racing Club) hasta el partido que el Pincha recibió a Boca en el Estadio Único, cuando a los 14 minutos de dicho encuentro el delantero Andrés Chávez facturó para el Xeneize.
Estas buenas actuaciones que tuvo el guardameta, hizo que el entrenador de la Selección Argentina, Gerardo Martino, lo convoque para que forme parte del plantel que dispute la Copa América centenario en el mes de junio en los Estados Unidos, además de que River lo pretendía para reemplazar a Marcelo Barovero, pero Andújar descartó esa posibilidad y dejó en claro que en la Argentina sólo jugaría en Estudiantes, pero está latente la posibilidad que continúe su carrera en el exterior.