Su vuelta al Atlético de Madrid hace poco más de tres años, no entusiasmó demasiado a la afición rojiblanca, pero poco tardó Gabi en demostrar que volvía siendo un futbolista totalmente diferente al que se marchó.
En la misma temporada de su vuelta (2011-2012), ya fue nombrado como uno de los capitanes del equipo y como tal levantó la Europa League conseguida en Bucarest frente al Athletic de Bilbao.
A la campaña siguiente, con las marchas de Antonio López y Perea, Gabi pasó a ser el primer capitán de un Atlético de Madrid que empezaba a deslumbrar. En agosto, volvió a levantar un título europeo, esta vez, la Supercopa de Europa ante el Chelsea.
Sin embargo, la temporada 2012-2013 no solo traería un título para los colchoneros. El Atleti llegó a la final de la Copa del Rey para enfrentarse al equipo merengue. En un partido de máxima igualdad, fueron los rojiblancos los que terminaron por llevarse el título gracias a un gol de Miranda en la prórroga. En solo dos temporadas, Gabi ya había levantado tres títulos como capitán del conjunto madrileño.
Un Atlético de Madrid imparable, comenzaba la temporada 2013-2014 con ganas de seguir creciendo. La mentalidad de Simeone al frente del banquillo convirtió al equipo rojiblanco en un conjunto con sed continua de victoria. El argentino, además, encontró en Gabi su prolongación sobre el verde, y no ha dudado en aprovecharlo.
Así, con la filosofía del "partido a partido", el equipo del Manzanares fue situándose a lo largo de toda la temporada en la zona más alta de la tabla, disputándole el liderato a FC Barcelona y Real Madrid. Fue precisamente en la última jornada liguera, frente al cojunto blaugrana, cuando el Atlético de Madrid se proclamó Campeón de Liga en el Camp Nou.
Pese a disputar también la final de la Champions ante el Real Madrid, la temporada pasada, el equipo colchonero no pudo hacerse con el máximo título europeo. Con sed de revancha tras caer en ese partido, se volvían a enfrentar los rojiblancos al equipo merengue en el primer título en juego de este curso futbolero: la Supercopa de España.
En el partido de ida, disputado en el Bernabéu, un empate a uno hizo confiar al Atlético de Madrid en sus posibilidades de conquistar el trofeo tan solo tres días después. Y así fue. Con el gol de Mandzukic en los primeros minutos del choque, los colchoneros se hicieron con la Supercopa de España ante el eterno rival.
Cinco títulos en tres años. Cinco veces las que Gabi Fernández ha subido a recoger un trofeo como líder del equipo rojiblanco. Es, según apunta @2010Misterchip, el primer capitán de toda la historia del Atlético de Madrid que ha sido capaz de levantar UEFA Europa League, Supercopa de Europa, Copa del Rey, Liga y Supercopa de España.