Joaquín abandonó la disciplina bética en la temporada 06/07 y puso rumbo a Valencia. Allí defendió la camiseta ché durante cinco temporadas (06/07 - 10/11) y logró ganarse el corazón de muchos valencianistas. El sábado a las 18:15 volverá al césped de Mestalla pero esta vez defendiendo la camiseta del club que siempre quiso, el Real Betis. 

A pesar de que Joaquín siempre ha dicho que lleva el Betis por bandera, el recuerdo que tiene del Valencia siempre será agradable. Valencia fue su casa durante cinco temporadas. Jugó competiciones europeas, tanto Champions League como UEFA y levantó en la temporada 07/08 la Copa del Rey. Una final en la que el Valencia se impuso por 3-1 al Getafe en el Vicente Calderón y en la que el portuense no disfrutó de un solo minuto. Aquella misma temporada en esta misma competición, el Valencia y el Betis se emparejaron en octavos de final. Joaquín marcó dos goles en el entonces Manuel Ruíz de Lopera, siendo el resultado final 1-2. En la vuelta se volvía a repetir el mismo resultado y el Betis era apeado de la competición copera. Aquel partido de ida de Copa del Rey con aquellos dos goles tempraneros de Joaquín (min. 5 y 12) fueron un día duro para un jugador que aún seguí recordando sus grandes tardes en aquel campo con la camiseta de la 13 barras.

De las cinco temporadas que estuvo en el Valencia, solo en tres de ellas tuvo enfrentamientos ante el Betis, ya que tanto en la 09/10 como en la 10/11, la última de Joaquín en el Valencia antes de fichar por el Málaga, el Betis estaba compitiendo en 2ª división. En la 06/07 solo jugó 8 minutos ante su ex equipo. Fue en la jornada 20. Era su vuelta al estadio verdiblanco tras su marcha. Ya en la 07/08, Joaquín le anotaba su primer gol al Betis en el Manuel Ruíz de Lopera. Luego ocurrió el episodio de los octavos de Copa.

Curiosamente aquel primer gol que Joaquín le hacía al Betis tras años haciéndolo inversamente, se produjo en la jornada 4. Precisamente coincide en número de jornada con su regreso a Mestalla.

El extremo gaditano jugó un total de 215 partidos con el Valencia, anotando un total de 30 goles, el mejor registro de número de partidos y goles del Joaquín profesional. Contra el Betis jugó un total de siete partidos con el Valencia anotando un total de tres goles. Quizás los tres goles más amargos en la carrera de Joaquín en el Valencia.