La etapa de Nuno en el fútbol español comenzó en la temporada 96/97 tras su fichaje por el Deportivo de la Coruña que por aquel entonces luchaba de tu a tu con los Madrid y Barça por ganar la Liga. El meto luso aterrizó en España con 22 años y aunque su carrera estaba en alza, no le quedó otro remedio que vivir a la sombra del mítico Jaques Songo'o, indiscutible en Riazor.
Tras dos años en el banquillo coruñés, Nuno buscó oportunidades en forma de cesión. Su primer equipo a préstamo fue el Mérida donde estuvo dos años y consiguió un trofeo Zamora en Segunda División. Sin embargo, el equipo extremeño descendió administrativamente a Segunda B tras acumular una deuda de 180 millones de pesetas con 17 jugadores.
Fue en ese momento cuando entró en escena un recién ascendido Osasuna solicitando al Deportivo la cesión por una temporada. El club de Lendoiro aceptó y Nuno se hizo con la titularidad de la portería Navarra en detrimento del joven canterazo Richard Sanzol.
El guardameta disputó 33 partidos en una temporada realmente difícil para el club rojillo que consiguió salvar la categoría en el último partido de la temporada frente a la Real Sociedad. Su papel no fue especialmente notable pero mantuvo una gran regularidad que ayudó a la permanencia del equipo de Lotina.
Como anécdota queda su expulsión por roja directa en la jornada 13 frente al Real Madrid. También estuvo presente en la clara victoria de Osasuna frente al FC Barcelona por 3 goles a 1.
A la temporada siguiente regresó al ostracismo como suplente en Riazor y en 2002 fichó por el Oporto de Mourinho a cambio de 3 millones de euros. De nuevo llegaba a un equipo campeón donde se proclamó campeón de Europa pero con Vitor Baia como titular en el equipo de los dragones.
A pesar de la falta de minutos, su fuerte carácter y personalidad potenciaron su jerarquía en el vestuario portugués. Señal de ello es que cuando colgó las botas en 2007 ejercía como segundo capitán. Antes de su retirada también vistió los colores del Dínamo de Moscú y CD Aves.