Jesús Fernández llegó a las categorías inferiores del Real Madrid en 2010 procedente del Numancia. En la temporada 2010-2011, el joven guardameta disputó veintiseis partidos con el Real Madrid Castilla en Segunda División B recibiendo veintisiete goles, con una media de casi un gol por partido; en esa misma temporada llegaría a debutar con la primera plantilla en la goleada ocho goles a uno que el conjunto blanco endosó al Almería en el Santiago Bernabéu.
Jesús Fernández llegó al 2010 a la entidad blanca procedente del Numancia
En la siguiente campaña, 2011-2012, aunque no llegó a disputar ningún minuto con el equipo de José Mourinho, el guardameta consiguió el ascenso del segundo equipo del Real Madrid a la Segunda División del fútbol español. El ascenso se consumó tras derrotar al histórico Cádiz en la fase de ascenso. El meta disputó un total de veintitres partidos recibiendo diecinueve goles.
En la temporada 2011-2012 logra el ascenso a Segunda División con el Real Madrid Castilla
El portero madrileño jugó con el Castilla en Segunda División durante la siguiente temporada, sumando veintitres goles en catorce encuentros. Esta campaña estuvo marcada por el debate en la portería entre Iker Casillas, Antonio Adán y Diego López, a pesar de ello, Jesús Fernández llegó a disputar un partido completo, frente al Osasuna en el Santiago Bernabéu, en el que los blancos se impusieron por cuatro goles a dos al equipo navarro.
En la 2013-2014 el canterano quedó tan solo como portero del primer equipo. El debate continuó en la portería a pesar de la llega de un nuevo técnico al club, el italiano Carlo Ancelotti. Iker Casillas y Diego López se repartían los minutos de Liga, Uefa Champions League y Copa del Rey, aunque las dos últimas competiciones fueron únicamente jugadas por el capitán madridista.
A pesar de no haber disputado ningún minuto en dicha temporada con el Real Madrid, Jesús Fernández pudo despedirse de la entidad blanca con dos títulos, una Copa del Rey y la tan ansiada Décima. En el verano de 2014, el club merengue hizo oficial la llegada de Keylor Navas a las filas madridistas, Diego López decidió cambiar de aires hacia tierras italianas para fichar por el Milan, Jesús Fernández hizo lo mismo pero marchándose al Levante en sustitución del portero costarricense. Su puesto como tercer portero pasó a ocuparlo otro canterano, Fernando Pacheco.
En el Levante, Jesús Fernández comparte puesto con Diego Mariño. Desde su llegada al equipo valenciano, el meta madrileño ha encajado doce goles en los seis partidos que ha disputado en Liga y tan solo un gol en los dos partidos que el Levante ha jugado frente al Albacete en Copa del Rey.