Siqueira junto a Cheryshev es una de las nuevas incorporaciones del mercado de invierno para reforzar la plantilla comandada por Gary Neville. Será una cesión por año y medio y llega para reforzar el perfil izquierdo, sobre todo en la faceta defensiva.
Tras su explosión en el Granada tras tres temporadas, los directivos del Benfica pusieron sus ojos sobre el brasileño, y el 2 de septiembre de 2013 es traspasado al club portugués en calidad de cedido.
Guilherme Siqueira jugó un año en el club lisboeta donde tuvo la oportunidad de disputar por primera vez competiciones europeas y estrenar su palmarés. Debutó en Champions League, pero el Benfica fue eliminado a las primeras de cambio cayendo en fase de grupos, jugando así la Europa League.
El Benfica fue avanzando aquella campaña en Europa League hasta colarse en la final, en la cual cayó derrotado frente al Sevilla en la tanda de penaltis. Siqueira fue titular en aquel partido y fue sustituido en la prórroga.
Firmó grandes actuaciones la escuadra de la capital lusa, y conquistó Liga, Copa y Copa de la Liga, siendo pieza importante en el equipo, por aquel entonces, de Jorge Jesus. Como benfiquista, en aquella campaña 2013-2014, Siqueira jugó 33 partidos en total, 10 de ellos en competiciones internacionales, y anotó un gol.
Tras aquella temporada y sus buenas actuaciones, fue fichado por el Atlético de Madrid por 10 millones, el rendimiento en su primera campaña como rojiblanco sembró algunas dudas en la parroquia colchonera y ya este verano se especulaba con su salida, sobre todo con el retorno de Filipe Luis.
Muchos rumores apuntaban que el jugador podía volver al Benfica en el mercado estival, sin embargo el Atlético de Madrid lo retuvo. Su papel esta campaña ha sido más que secundario, convirtiéndose en tercer lateral, y los rumores de la vuelta al "o Glorioso" volvieron a florecer de cara un traspaso en enero.
Parecía que el jugador tenía la intención de volver a Lisboa, de hecho en vísperas del duelo de Champions de este año entre Atlético de Madrid y Benfica, Siqueira dijo que había dejado "abiertas las puertas" para su posible vuelta.
Finalmente es ya nuevo jugador del Valencia, y se cortaron de raíz todos los rumores que lo situaban en el SL Benfica. Ahora está por ver cual su estado físico tras estos primeros meses de competición prácticamente inactivo, y cómo se adapta a su nuevo equipo.