El delantero del Villarreal, Jonathan Pereira, se desvinculó en los últimos minutos de mercado de la entidad presidida por Fernando Roig. Desde el club ya se le había comunicado a principios de verano que tenía que buscarse equipo, ya que no entraba en los planes de Marcelino García. El gallego lleva todo el verano ejercitándose con el resto de sus compañeros e incluso ha viajado en los 'stages' de pretemporada como uno más de la plantilla, disputando algunos minutos. Pero las ofertas o bien no llegaban o no eran del agrado del jugador, por lo que ha aguantado hasta última hora en la disciplina amarilla. Finalmente el club, a un cuarto de hora del cierre del mercado, le dio a Jonathan Pereira la carta de libertad que le permite buscarse un nuevo equipo a pesar de permanecer cerrado el mercado.

La carrera de Jonathan Pereira comenzó en el club de su ciudad natal, el Celta de Vigo, donde jugó hasta los 15 años. A esa edad lo fichó el Villarreal para jugar en la cantera. Debutó en el primer equipo amarillo en la temporada 2006/2007 ante el Levante, marcando un gol al minuto de saltar al terreno de juego. Ese mismo verano se fue cedido al Racing de Ferrol, que militaba por aquel entonces en Segunda División, pero no consiguió mantener la categoría. Volvió a la disciplina amarilla pero, una vez más, volvió a salir cedido. Esta vez al Racing de Santander. Pereira pasó a ser historia del Racing al marcar el primer gol del equipo cántabro en Copa de la UEFA y el gol más rápido en esta competición de un jugador del Racing ante el Manchester City.

En la temporada 2009/2010 volvió al Villarreal, y tras media temporada en la que sólo jugó 10 partidos, fichó por el Real Betis por 3,4 millones de euros. Con el Betis consiguió ascender a Primera esa misma campaña tras anotar 3 goles en 18 partidos. Al finalizar la temporada, el Betis lo vuelve a ceder al Villarreal, que acababa de descender a Segunda y 'Jony' marcó el gol del ascenso ante el Almería. Tras la vuelta a Primera del Villarreal, se fue cedido primero al Rayo y por último al Valladolid, en el que acabó la pasada temporada. A día de hoy, tras realizar la pretemporada con el 'Submarino Amarillo', rescindió el contrato con el club y actualmente se encuentra sin equipo.