Appena dopo il sorteggio del terzo turno preliminare di Champions League, a Nyon, in tarda mattinata è stato sorteggiato il terzo preliminare anche di Europa League. A differenza della Champions League qui il sorteggio non si divideva in due tranches.
Le 33 vincitrici del secondo turno preliminare si univano alle classificate (si va dal 2° posto del campionato rumeno al 7° di quello inglese) dei vari campionati europei ed alle vincitrici delle Coppe.
Le 58 squadre sono state dapprima divise in teste di serie e in non teste di serie (in base al ranking). In seguito le 29 teste di serie sono state smistate in cinque gruppi (un gruppo da cinque più quattro da sei), dove sono state raggiunte da altrettanti gruppetti di non teste di serie. Così facendo ogni gruppo disponeva di sei (o cinque) teste di serie e di sei (o cinque) non teste di serie. Da ogni gruppetto venivano infine fuori sei accoppiamenti (o cinque per quanto riguarda il gruppo da dieci squadre totali). Questo quanto ne è uscito:
Zurigo VS vincitore Chernomore Varna - Dinamo Minsk
vincitore Kairat - Alashkert VS vincitore Rijeka - Aberdeen
vincitore Dacia Chisinau - Zilina VS Vorskla Poltava
AZ Alkmaar VS Istanbul Başakşehir
Bordeaux VS AEK Larnaca
vincitore Lokomotiv Zagabria - PAOK VS vincitore Spartak Trnava - Linfield
Sampdoria VS vincitore Vojvodina - Spartaks Jurmala
Slovan Liberec VS Hapoel Kiryat Shmona
Athletich Bilbao VS vincitore Hafnarfjördur - Inter Baku
Targu Mures VS Saint-Etienne
vincitore Kukesi - Mladost Podgorica VS vincitore Legia Varsavia - Botosani
vincitore Cukaricki - Qabala VS vincitore Apollon Limassol - Trakai
vincitore Jelgava - Rabotnicki VS vincitore Trabzonspor - Differdange
vincitore Skonto - Debrecen VS vincitore Reykjavík - Rosenborg
vincitore Charleroi - Beitar Jerusalem VS Zorya Luhansk
vincitore Shaktyor Soligorsk - Wolfsberger VS Borussia Dortmund
vincitore B.Star Zagora -Brondby VS vincitore Jagiellonia - Omonia Nicosia
Jablonec VS vincitore Copenaghen - Newtown
Sturm Graz VS Rubin Kazan
vincitore AIK Solna - Shirak VS Atromitos
Altach VS Vitoria Setubal
vincitore Hapoel Beer Sheva - Thun VS vincitore Vaduz - Nomme Kalju
vincitore Randers - Elfsborg VS vincitore Shamrock Rovers/Odds
Standard Liegi VS vincitore Ferncvaros/Željezničar
vincitore Koper - Hajduk Spalato VS vincitore Mlada Boleslav - Stromsgodset
Belenenses VS vincitore Slask Wroclaw - Goteborg
Southampton VS Vitesse
vincitore West Ham/Birkirkara VS vincitore Inverness - Astra Giurgiu
Krasnodar VS vincitore Slovan Bratislava - UCD