Iniziava la sua carriera nelle giovanili della Lazio (di cui è anche tifoso) insieme ad un certo Alessandro Nesta. Fa il suo esordio in Serie A prorpio con la maglia biancocelste collezionando otto presenze e tre gol, ma poi le strade con la società capitolina si separeranno e Marco lascerà a Roma amici e parenti per intraprendere la sua carriera da calciatore, passando per squadre come Bari, Salernitana, Parma, Juve, Valencia, Monaco, Genoa e Bologna, con cui colleziona 143 presenze e 65 gol e ne diventa capitano e simbolo indiscusso.
Appende gli scarpini al chiodo nella lontana Canada, al Montrèal Impact con cui finirà la sua carriera, di cui ne fa fiero. "Sono molto orgoglioso di quello che ho fatto in questi due decenni da professionista, il mio sogno era quello di giocare ai livelli più alti e ci sono riuscito. Adesso proverò a fare il massimo in questo mio ultimo mese da calciatore". Questo quanto si legge sul sito della sua ultima squadra, che ne rende omaggio, tramite le parole del presidente, Joey Saputo. "Marco ha fatto tutto ciò che ci aspettavamo. E' stata la nostra prima scelta e si è rivelata giusta, con la sua qualità e la sua esperienza ha aiutato la squadra a progredire sul campo. Qui si è guadagnato il rispetto di tutti, lo ringraziamo per quello che ha fatto per il nostro club e la nostra città".