En el año 1987, Millonarios fue el líder en todo el torneo Colombiano. El cuadro `albiazul` logró tener un total de 22 fechas como invito, consiguiendo ganar una estrella número 12 en la última fecha del final del torneo, en este partido Millonarios derrotó al Junior en la ciudad de Bogotá por la mínima diferencia con gol de Óscar “Pájaro” Juárez.
La estrella 13 conseguida por Millonarios fue en 1988 y tuvo un final dramático tras la disputa por el titulo junto a Nacional en ciudades diferentes. En el que, el equipo `verde` de Antioquia visitaba a Santa Fe mientras que Millonarios jugaba en la ciudad de Barranquilla y logró conseguir su estrella gracias a un gol de Mario Vanemerak.
En los años de 1990 y 1991, Millonarios tuvo torneos regulares, sin poder lograr conseguir sumando triunfos. Para los años de 1992 y 1993 Millonarios consiguió avanzar hasta las semifinales pero no pudo avanzar para disputar las finales.
En 1994, Millonarios quedó subcampeón tras una buena batalla con Atlético Nacional, en este torneo Millonarios terminó con dos goleadores, Carlos Rendón que anotó 25 goles y Arnoldo Iguarán con 20 tantos.
Gracias al buen torneo de 1994, en 1995 Millonarios disputó la Copa Libertadores, donde Millonarios fue uno de los equipos protagonistas, llegando a clasificar primero en el grupo con 10 puntos en 6 partidos jugados, avanzando a los cuartos de final, donde enfrentó a Nacional quién con un polémico partido logró quedarse con la serie con un marcador global de 2-3
En los años de 1995 y 1996, el cuadro `embajador`, en el cuadrangular final logrando conseguir el noveno subcampeonato, en donde tanto Millonarios como el Deportivo Cali terminaron con 12 puntos, pero el Cali se quedaron con el campeonato por 3 puntos de bonificación logrados en el cuadrangular final.