Tal como lo hizo en 2014, Atlético Nacional participa en 2016 de las dos competiciones de clubes más importantes de CONMEBOL: La Copa Libertadores y la Copa Sudamericana, esta última tendrá su sorteo esta noche en Santiago de Chile y comenzará competencia desde agosto hasta el mes de diciembre. 

El equipo 'verdolaga' obtuvo su clasificación a esta competición tras vencer al Deportivo Cali en la Superliga Águila 2016, el pasado mes de enero.

Los antioqueños serán Colombia 3 e integra el bolillero tres con Barcelona S.C. (Ecu), Deportivo Municipal (Per) y Deportivo Lara (Ven), el rival en la primera fase no puede ser un equipo del mismo país, tampoco quien integre su mismo bolillero. 

Los otros cuatro equipos colombianos clasificados a esta competición son: Junior de Barranquilla, Independiente Medellín, Deportes Tolima y Santa fe (actual campeón que comienza desde octavos de final). 

Sistema de competición

La Copa Sudamericana la integra 47 equipos de los 10 países afiliados a la CONMEBOL, en la primera fase se enfrentan en juegos de ida y vuelta, los 32 equipos de los países a excepción de Brasil y Argentina. Los 16 ganadores se enfrentarán en una segunda fase. 

En la primera fase, los equipos se dividen en dos zonas de cuatro países cada uno:

Sur: integrada por los 4 representativos de cada una de las Asociaciones de Chile, Uruguay, Paraguay y Bolivia.

Norte: compuesta por los 4 equipos de las Asociaciones de Colombia, Ecuador, Perú y Venezuela.

Luego ingresan los equipos brasileños y argentinos e Independiente Santa fe (actual campeón). Estos nueve equipos más los ganadores de las dos anteriores fases comprenderán los octavos de final y así hasta conocerse el campeón en el mes de diciembre. 

El ganador de la Copa Sudamericana obtendrá cupo a la próxima Copa Libertadores 2017, además de jugar la Recopa Sudamericana y la Suruga Bank con el campeón de la Copa de Japón.