Cienciano 1 Atlético Nacional 0, Copa Sudamericana 2003
Por las semifinales de la Copa Sudamericana 2003, el conjunto dirigido por Juan José Peláez tuvo como rival al Cienciano de Perú, la ida disputada en Medellín dejó como vencedor al conjunto cuzqueño por 2 a 1 con anotaciones de German Carty y Paolo Maldonado, descontó Iván “Champeta” Velásquez. En el partido de vuelta, apenas pasó un minuto para que Germán Carty anotara el 1-0 definitivo y sepultara las opciones de una nueva final para el conjunto colombiano. Esta fue la única derrota de Nacional ante equipos peruanos por torneos CONMEBOL.
Universitario 0 Atlético Nacional 1, Copa Sudamericana 2007
En la primera fase de la Copa Sudamericana 2007, Universitario de Deportes fue el rival de turno, el equipo 'crema' tenia como grandes figuras el colombiano Mayer Candelo y el peruano Johan Fano; En el juego de ida, disputado en el estadio Monumental de Ate, los 'verdolagas' alcanzaron la victoria por la mínima con anotación del zaguero central Humberto Mendoza. En partido como local se volvió a imponer la escuadra verdolaga con una anotación del delantero Carmelo Valencia.Torneo que tuvo como campeon el cuadro argentino Arsenal de Sarandí.
Inti Gas 0 Atlético Nacional 1, Copa Sudamericana 2013
En el año 2013, nuevamente debutó en tierras peruanas, su rival era el modesto Inti Gas, quien cumplía su segunda participación en la Copa Sudamericana, en la ida disputada en Ayacucho, los colombianos se impusieron 1-0 con gol de Sherman Cárdenas. Con la ventaja en el marcador, el juego de vuelta fue un 'paseo' para el 'Rey de Copas Colombiano', una contundente goleada por 4-0 con anotaciones de Jhon Valoy (2), Juan Pablo Ángel y Elkin Calle, liquidaron su pase a la siguiente ronda. En esta Copa, la participación 'verdolaga' llegó hasta los cuartos de final donde fueron eliminados por el conjunto de Sao Paulo y que dejó como campeón a Lanús de Argentina.
César Vallejo 0 Atlético Nacional 1, Copa Sudamericana 2014
En el año 2014, tuvo como rival al Club Deportivo Cesar Vallejo en la fase de cuartos de final, como visitante obtuvo un resultado a favor por la mínima diferencia con una brillante actuación de Franco Armani, la anotación del encuentro fue del volante Edwin Cardona con un pase estupendo de Luis Carlos Ruiz. En la vuelta en el Atanasio se impusieron nuevamente los dirigidos por Juan Carlos Osorio con un brillante gol de Alejandro Bernal. La participación 'verdolaga' llegó hasta la final del torneo sudamericano frente a River Plate de Argentina, equipo que conquistó el título en ese año.