Guadalajara tuvo que esperar cuatro años para poder integrar a José Juan ‘Gallo’ Vázquez a su mediocampo. Al final del Clausura 2014 se especuló por primera vez una incorporación al ‘Rebaño’ a petición del entonces técnico Ricardo LaVolpe, sin embargo, no se concretó ningún movimiento y luego de tímidos esfuerzos por incorporarlo durante numerosos mercados de pases por fin llegó el ‘Gallo’ al redil.

José Juan Vázquez comenzó su aventura a nivel profesional con el Celaya FC, de su ciudad natal en 2009. Con los ‘Cajeteros’ fue campeón de Segunda División en el torneo Independencia 2010 venciendo a Tampico-Madero. La suerte no terminó allí y en la final de ascenso, bajo el mando de Miguel de Jesús Fuentes, se impusieron a Chivas Rayadas para acceder a la 'División de Plata' del futbol mexicano.

Ya en Liga de Ascenso pasó a León en calidad de préstamo para el Clausura 2012. Con 20 apariciones y dos goles anotados, Vázquez ayudó a los ‘Panzas Verdes’ a regresar a Primera División luego de 10 años, primero derrotando a Lobos BUAP en la final por el campeonato y después superando a Correcaminos en el duelo por el ascenso. Su actuación permitió su compra definitiva y la posibilidad de construir un legado con León en el máximo circuito.

En el cuadro esmeralda jugó 144 partidos, 137 como titular y convirtió siete goles, además de conquistar el Apertura 2013 y el Clausura 2014. Su labor en el mediocampo leonés llamó la atención de Miguel Herrera, entonces técnico de la Selección Nacional de México, y recibió su primera convocatoria ante Corea del Sur en un amistoso en 2014.

El ‘Gallo’ fue convocado al Mundial de Brasil 2014 y disputó los tres juegos de primera fase imponiéndose en el mediocampo mexicano, pero por acumulación de tarjetas no pudo enfrentar a Holanda en la siguiente ronda. En total ha disputado 18 juegos con la playera tricolor y fue campeón de la Copa Oro 2015.

Su llegada a Guadalajara supone la incorporación de un recuperador de balones confiable y  buen disparo de media y larga distancia. Vázquez ha demostrado ser capaz de controlar la contención y permitir la incorporación de sus compañeros al ataque como Carlos ‘Gullit’ Peña, con quien se reencuentra en Chivas.