Un histórico del futbol mexicano e internacional, que naciera como profesional en el Club Atlas y debutara en el ya lejano torneo de invierno de 1996 con los Rojinegros. El oriundo de Zamora, Michoacán logró rápidamente apoderarse de la zaga central de los jaliscienses en donde disputó una final frente al Toluca que para su mala fortuna perdió.
Pronto fue llamado a selección y en una Copa América llamó la atención del Club Mónaco donde salió campeón de la liga francesa. Debido a sus actuaciones fue vendido al Barcelona donde ganó desde la Liga de España hasta la Liga de Campeones de la UEFA.
Después de brillar en el viejo continente pasó a la MLS donde no tuvo una gran actuación; cuando todos pensaron que sería el final de su carrera regresó a México y se unió a los Panzas Verdes que en ese momento eran comandados por Gustavo Matosas.
Con los Esmeraldas tomó el gafete de capitán y los guió para conseguir el bicampeonato del balompié nacional; en liga, Rafael Márquez disputó 50 partidos y la defensiva verdiblanca permitió 51 goles. Con los del bajío también jugó la Copa Libertadores, que era un torneo que le faltaba por participar al central.
A palabras del 'Káiser', León le regresó esas ganas de jugar y le dio la oportunidad de retomar el nivel para regresar no sólo a selección, sino también al futbol europeo.