Javier Cortés debutó un domingo 24 de agosto del 2008, cuando Pumas derrotó a Pachuca por un marcador de 3-1. El director técnico que le dio la confianza fue Ricardo ‘El Tuca’ Ferretti, y a pesar de solamente haber disputado 11 minutos de juego en el torneo de Apertura 2008, estos marcarían el inicio de su carrera como futbolista profesional.
Su primer gol en la liga mexicana llegó al minuto 85 de la jornada 3 del torneo Apertura 2010, ante el odiado rival: Cruz Azul.
Si hablamos de Javier Cortés en Pumas, es un hombre que se ha ido consolidando con los universitarios, y a pesar de que también ha tenido altibajos en su carrera, ha obtenido logros importantes, recordar que ganó la Medalla de Oro con México en los Juegos Olímpicos de Londres 2012.
Cortés ya sabe lo que significa ser campeón con los Pumas de la UNAM, fue el hombre importante en aquella final ganada del torneo Clausura 2011 ante el Morelia. Anotó un auténtico golazo que valdría la séptima estrella para los auriazules.
En cuanto a números, el torneo Clausura 2015 no fue el mejor para el mexicano, pues a pesar de haber disputado casi todos los encuentros del torneo (1323’ minutos de 1530’ posibles) no pudo marcar gol en toda la competencia, tan solo consiguió 3 asistencias y 18 disparos a portería. Únicamente se perdió los partidos de la jornada 4 contra Atlas y la jornada 5 frente a León por una lesión muscular en la pierna derecha que sufrió durante un entrenamiento.
Sin duda, fue uno de los torneos más pobres futbolísticamente en la carrera de Cortés si lo comparamos con su torneo más productivo, que fue el Clausura 2013 en donde consiguió marcar 7 tantos, 3 asistencias y 48 disparos a portería.
Javier Cortés ha sido considerado una ‘joya’ desde su debut en Pumas, pero en cuanto a rendimiento este torneo, no ha sido lo que se espera de él, pues le ha quedado a deber a la institución y a la afición, quienes esperan ver su mejor versión.