Egresado de las inferiores de River Plate, llega al primer equipo en el 2001, jugando ahí hasta 2004. El cordobés tuvo la fortuna de ganar en los años de 2003 y 2004 el torneo de verano con los 'millonarios'. Anotó únicamente 2 tantos en toda su estancia.

Fue traído a México por los Tecos de Guadalajara para el Apertura 2004, desde su torneo de llegada mostró dotes de ser un mediocampista con gol, alguien que generaba ocasiones de peligro y con un gran golpeo de larga distancia. En su etapa con la UAG, Daniel hizo 30 goles en 70 partidos y repartiendo 27 pases de gol. Disputó su primera final en el Clausura 2005 ante América, misma que perderían por goleada en el Coloso de Santa Úrsula. En el mismo año fue reconocido como el mejor centrocampista ofensivo.

Para el Clausura 2007, Santos Laguna ficharía al talentoso jugador argentino. En su primer semestre con los 'laguneros', el objetivo principal era mantener la categoría, y se obtuvo. Consiguieron sumar 22 puntos e incluso les alcanzó para colarse a Liguilla por la vía del repechaje, donde quitaron a San Luis de su camino. Instalados en la 'fiesta grande' serían eliminados inmediatamente por Pachuca, el marcador global fue 2-2 pero los 'Tuzos' pasaron por mejor posición en la tabla. Emmanuel anotó en 5 ocasiones y dio 10 asistencias en 21 cotejos. 

Si éstos números eran buenos, en la siguiente campaña serían aún mejores. Ludueña hizo 18 dianas en 19 encuentros además de 11 asistencias. Cifras impresionantes para ser un medio. Los de la Comarca clasificaron como líderes generales. Ya en Liguilla su rival en Cuartos de Final era Morelia, a quien sin problemas ganarían con global de 5-2, Daniel hizo dos dianas en la serie. En Semifinales tocaba Pumas, la Ida se la llevaron en CU los felinos con un contundente marcador de 3-0. Santos en el Corona intentó revertirlo, inclusive, 'El Hachita' se despachó un hat-trick, pero los de Ferreti marcaron dos más. El resultado final llegó a ser un 5-4, el equipo en ese entonces del 'Travieso' Guzmán quedó fuera. El jugador fue galardonado con el Balón de Oro en México y también nombrado el mejor medio centro ofensivo por segunda vez.

Para el Clausura 2008 la revancha llegó. Los verdiblancos quedaron segundos en la fase regular, calificando de nuevo sin problemas. Ahora el rival en turno en Cuartos era Necaxa, quien ofreció una serie reñida, el marcador global fue un 3 a 2, que le dio la victoria a los del norte. En la siguiente llave se encontrarían a Monterrey, quien venía de dar la sorpresa eliminando al líder general: Chivas. Otra vez sería una serie complicada, aún más que con Necaxa, tanto así que nadie pudo ganar ni en la Ida ni en la Vuelta, el global fue un 3 a 3, pero por estar mejor posicionados en la tabla avanzarían los de la Comarca a la gran Final. Se enfrentaron a Cruz Azul quien dio un poco de menos pelea. En el Estadio Azul las cosas se inclinaron para Santos con un 2-1 y en Torreón 1-1, dando así el triunfo y campeonato con 3-2 global. Ludueña anotó en el antiguo Estadio Corona. Su saldo en esa temporada fue de 5 goles y 8 asistencias en 17 enfrentamietos. Fue de nueva cuenta mencionado como el mejor centrocampista en nuestro futbol.

Adentrados en el Apertura 2008, el cuadro verdiblanco defendía su título, sin embargo, no lo logró  y fueron eliminados en Semifinales por Toluca. 'Hachita' jugó 16 cotejos, anotando 4 veces y regalando 3 asistencias. En el Clausura 2009 sería la primera ocasión en que Ludueña no calificaría a Liguilla desde su arribo a Torreón. Aún así enfrentó 16 partidos, mandándose 8 pases a gol y 6 dianas. Volverían a calificar en el Apertura 2009 llegando hasta la primera ronda de la Liguilla, marcó en 6 oportunidades y dio solo 2 asistencias.

En el Bicentenario 2010 disputaría su tercera final en México ante los 'Diablos Rojos' del Toluca, serie que se llevó hasta instancias finales. La dramática tanda de penales la perderían los 'laguneros'. Alineó en 18 situaciones, incrustando el balón en la portería rival en tan solo 4 ocasiones y asisitío siete veces.

Apertura 2010, momento de volverse a ubicar en instancias finales y no sólo eso, sino salir victoriosos. Se cumplió el primer punto, se llegó hasta la Final, donde se medirían ante otro club norteño, era el caso de Rayados. Llegaba un duelo de ofensivas. Santos con Ludueña, Darwin Quintero y Christian Benítez; del lado de los dirigidos por Víctor Manuel Vucetich estaban Humberto Suazo, Neri Cardozo y Aldo de Nigris. Para los de Nuevo León no hubo problema y se coronaron en el Tecnológico y Santos volvía a fracasar en su intento. El futbolista argentino estuvo presente en 20 choques, celebrando 3 veces y repartió 3 asistencias. También jugó la CONCACAF Liga de Campeones en la edición 2010-2011, se llegó a una nueva final, que se volvió a perder contra Rayados. Anotó 2 dianas y aportó una asistencia.

Llegó el Clausura 2011 y en la Comarca no se logró clasificar. Emmanuel dejó 4 anotaciones y 2 pases para marcar en 15 oportunidades de juego. A pesar de estar en constantes finales, el jugador en lo individual tuvo un torneo para el olvido, nada parecido a lo que acostumbró en certámenes pasados, ni en números ni en actuaciones. 

Estando en el Apertura 2011, la escuadra guerrera retornó una vez más a una Final, el oponente ahora serían los Tigres de la UANL, dirigidos por Ricardo Ferreti. En ésta ocasión tampoco se logró el trofeo, en una noche lluviosa de diciembre, Santos cayó contra los felinos con un arbitraje polémico por parte de Marco Antonio Rodríguez, que llevó la expulsión de varios jugadores con la casaca verdiblanca, entre ellos el arquero Oswaldo Sánchez.

El desquite para Daniel y el equipo fue realmente rápido, en el Clausura 2012 fueron líderes generales con 36 unidades. Los dirigidos por Benjamín Galindo se enfrentaban a los Jaguares del 'Profe' Cruz y Jackson Martínez como jugador referente. Una serie de bastantes goles, 6-4 quedó el global, llevándoselo los 'lagueros'. En Semifinales había revancha, Santos iba contra Tigres, parecía que los de San Nicolás de los Garza saldrían airosos, pero con dos tantos de Oribe Peralta, se empató el marcador global 2-2. En 'La casa del dolor ajeno' se vivió una voltereta histórica para la institución, se avanzó por mejor pocisión en fase regular. Otra oportunidad de venganza llegaba para los 'Guerreros', se enfrentaban al Monterrey, ésta vez conquistando Santos el campeonato en su casa, el TSM.

Resaltar que la 'Hachita' abrió el marcador en Torreón con el que se consumaría la cuarta estrella. Ésta vez aportó con 3 dianas y 5 asistencias en 21 juegos. También estuvo presente en la Concachampions 2011-2012, de igual manera, se llegó al desenlace de la competencia y, de misma forma, se perdió nuevamente ante Rayados en el Tecnológico. Aquí anotó 3 goles y proporcionó 2 pases para gol.

Apertura 2012, éste era el último torneo de Daniel con Santos, ahí se fracasó en el intento por clasificarse a Liguilla. Estuvo presente en los 17 partidos, marcando 4 veces y asistiendo en 4 ocasiones.

Se quedó como el quinto máximo goleador en la historia del club con 72 anotaciones, sólo por debajo de Jared Borgetti, Matías Vuoso, Oribe Peralta y Darwin Quintero, mencionando que todos ellos son delanteros, mientras que Ludueña mediocampista. El último diez que ha pasado por Santos hasta ahora. Su mejor momento lo vivió allí, a pesar de tener campañas no tan buenas como él quiso, no dejó de hacer goles y asistir.

Jugador del cual temían los arqueros, por quien era prohibido para los defensas cometer infracciones cerca del área, de tiros tan precisos, colocados y fuertes. El futbolista que se cargaba a su equipo en los momentos necesarios, de quien en un instante, con cualquier pincelada cambiaba el partido, él es Daniel Emmanuel 'Hachita' Ludueña.