Luego de no haber podido ascender a Primera División en la última temporada, la cual otorgó 10 ascensos a la máxima categoría del fútbol argentino, en Gimnasia y Esgrima de Jujuy ya se dio vuelta la página y ahora el objetivo es armar un buen equipo para afrontar el certamen que dará inicio en febrero y pelear por uno de los dos ascensos, ya sea directamente (1º puesto) o a través de un cuadrangular (2º al 5º lugar).
Pero para eso, la dirigenca del Lobo debía salir a buscar un nuevo entrenador, ya que Mario Sciacqua presentó la renuncia luego de quedar truncado el sueño del regreso a Primera, y aunque intentaron convencerlo para que continuara en el cargo, no hubo marcha atrás. Tras varios nombres que se fueron barajando, el elegido para intentar devolver al conjunto del Norte fue Sebastián Méndez.
El Gallego se retiró siendo campeón con Banfield en el Torneo Apertura 2009 y debutó como entrandor, interinamente, a principios de abril del 2010 tomando las riendas de San Lorenzo. Posteriormente fue ayudante de Julio Falcioni en Banfield y cuando el Emperador decidió irse a dirigir a Boca, Méndez asumió en el Taladro.
Tras un Torneo Clausura 2011 en el que su equipo culminó 8vo y comenzó el Apertua 2011 con cuatro derrotas al hilo, renunció al cargo. Para la temporada 2013/14 el fútbol lo encontró entrenando a Atlanta en la B Metropolitana, pero solo dirigió hasta el mes de diciembre, ya que decidió dar un paso al costado por supuestas deudas del club con el cuerpo técnico y el plantel.
Una vez que se desvinculó del Bohemio asumió en Platense, conjunto que militaba (y milita) en la misma categoría. Con el Calamar llegó a disputar el reducido por un ascenso a la B Nacional pero fue eliminado por Temperley y presentó la renuncia en la 6ta fecha del Torneo de Transición.