Emanuel Aguilera, ex defensor de Godoy Cruz de Mendoza, fue uno de los jugadores del actual plantel de Independiente que tuvo altibajos en la presente temporada del Torneo Julio Humberto Grondona. El central disputó 18 partidos con la casaca roja sumando 29 puntos para el club, con 7 victorias, 8 empates y 3 derrotas con solamente 3 vallas invictas en estos 18 cotejos. Aguilera fue tomando ritmo en su llegada al Club, cuando Independiente era comandado por Jorge Almirón en su primer torneo luego del ascenso a Primera División, en el que logró el cuarto puesto con 33 unidades en donde el defensa jugó 5 partidos.
En el 2015 Emanuel Aguilera fue tomando ritmo pero con alternancias en el equipo titular tras las llegadas de Mauricio Victorino y Hernán Pellerano, además de que el Rojo ya contaba con la presencia de Víctor Cuesta. Aún bajo el mando de Almirón, quien pidió traerlo a Independiente ya que lo conocía del conjunto mendocino, Aguilera disputó 7 encuentros como titular de los cuales el Diablo mantuvo su valla invicta únicamente en la apabullante victoria por 4 a 0 ante Arsenal. Luego de la ida de Almirón, el oriundo de Guaymallén disputó un encuentro ante Rosario Central bajo la dirección técnica de Fernando Berón como interino y el central se dio el lujo de marcar un gran gol de tiro libre en el Gigante de Arroyito.
Tras el arribo del actual entrenador, Mauricio Pellegrino, y las recientes incorporaciones, Aguilera fue perdiendo peso en el equipo titular y sus actuaciones en el mismo fueron cesando. El ex técnico de Estudiantes dirigió a Independiente a partir de la segunda rueda del torneo de 30 equipos, es decir desde la fecha 16 hasta la fecha final, la trigésima. En ese lapso Aguilera disputó nada más que 5 partidos como titular en los que logró 3 victorias (Olimpo, Temperley -valla invicta- y Chicago) y 2 empates (San Martín de San Juan y Lanús).
El presente y el rendimiento futbolístico de Emanuel Víctor Aguilera no fue el necesario para merecer la titularidad en Independiente. Sus actuaciones no fueron convincentes y no ha podido alzarse como candidato a los primeros 11. Si bien no ha tenido el ruedo suficiente, los 18 partidos con la gloriosa camiseta de Independiente no lo destacan por sobre la dupla central titular que hoy Pellegrino mantiene: Cuesta y Pellerano.
