Boca es uno de los grandes protagonistas durante toda la historia de la Copa Libertadores de América. Por este torneo internacional se enfrentó en 15 oportunidades con equipos colombianos. Los de la Ribera cosechan un total de 6 partidos ganados, 6 empates y 3 perdidos. 

El historial contra conjuntos colombianos comenzó en 1977 cuando el Xeneize se enfrenta por primera vez en Colombia a Deportivo Cali por la fase de grupos. El partido terminó 1-1, Néstor Leonel Scotta puso en ventaja a los Vendiblanco, mientras que para el equipo argentino descontó Francisco Sá. Boca en ese año se consagra campeón de la Copa Libertadores por primera vez en su historia.

En el siguiente año, es decir, en 1978 se vuelve a cruzar con Deportivo Cali, pero en esta oportunidad fue en la final. En el partido de ida, en Colombia el encuentro finalizó 0-0, en el partido de vuelta el Xeneize goleó en la Bombonera 4-0, con este resultado se consagro nuevamente campeón de América.

El  equipo argentino estuvo 23 años sin enfrentarse a conjuntos colombianos, hasta que en el 2001, por fase de grupos se enfrenta de nuevo a Deportivo Cali que se impuso por 3-0 ante el Xeneize con tantos de Gerardo Bedoya, Victor Aristizábal y Julio Marchant (En contra). Luego, en ese mismo año en octavos de final se cruzó con Junior de Barranquilla en esta ocasión Boca ganó por 3-2, con dos goles de Marcelo Delgado y uno de Juan Román Riquelme, y para Junior marcaron Eudalio Arriaga y Henry Zambrano. Mientras que en La Bombonera terminó en empate 1-1. Ese año Boca es campeón tras ganarle la final a Cruz Azul de México.

En la Copa del 2003, compartió grupo con Independiente Medellín que le ganó 1-0 en el último minuto de juego con el gol de David Montoya. En esta misma edición Boca se enfrenta a América de Cali por la semifinal, en el partido de ida en La Bombonera ganó 2-0 y en la vuelta goleó 4-0.

En el 2004 nuevamente se cruza con Deportivo Cali en la fase de grupos, y se impuso por 1-0 con gol de Fabián Vargas. El Xeneize llegó otra vez a una final de Copa Libertadores, en esta oportunidad se enfrentó a Once Caldas, en la Bombonera empataron 0-0, mientras que en Colombia empataron 1-1. Pero los colombianos se quedaron con la Copa tras ganar 2-0 desde el punto penal.

En una nueva semifinal del 2007 se enfrentó a Cúcuta Deportivo. Los Rojinegros ganaron en el Estadio General Santander 3-1, Boca comenzaba ganado con gol de Pablo Ledesma, pero los colombianos dieron vuelta el marcador con dos goles de Blas Pérez y uno de Rubén Darío Bustos. Pero en el partido de vuelta el Xeneize en la Bombonera se impuso por 3-0 y paso a la final, donde se consagraron otra vez campeón tras ganarle a Gremio.

Nueve años después se volvería Boca a cruzar con algún equipo de Colombia, actualmente comparte el grupo tres con Deportivo Cali, en el primer cruce empataron 0-0 y mañana se enfrentaran en la Bombonera para culminar la fase de grupos