Desde la llegada de Marcelo Gallardo a River, Rodrigo Mora se convirtió en uno de los imprescindibles para el técnico. Por su velocidad, su garra y su buena definición el Muñeco lo tuvo en cuenta para la mayoría de los partidos importantes en estos dos años en River, y junto con Lucas Alario forman la delantera titular.
El uruguayo nacionalizado argentino fue uno de los grandes responsables en la obtención de la Copa Sudamericana 2014 y la Copa Libertadores 2015, pero ya desde mediados del año pasado su rendimiento comenzó a bajar, al igual que lo hicieron el resto de sus compañeros.
En lo que va del 2016, Mora participó en 15 encuentros, ocho por el torneo local y siete por la Libertadores. En el Torneo de Transición convirtió cuatro goles, dos en la goleada 5-1 ante Quilmes en el Monumental por la primera fecha, uno en el empate 3-3 ante Central, y uno en la caída ante Patronato, por 2-1.
En el certamen internacional marcó una sola vez, en el empate ante The Strongest en Bolivia, por la tercera fecha de la Fase de Grupos. En cinco de los siete encuentros jugó como titular, y en el único que no ingresó ni un minuto fue en el partido que River le ganó 4-3 a Trujillanos, asegurándose la clasificación a octavos de final.
El último encuentro que disputó en el semestre fue el día que el Millonario quedó eliminado de la Copa, en el que a pesar de haber vencido a Independiente del Valle por 1-0 no alcanzó para pasar a cuartos. Por problemas en su tobillo izquierdo, estuvo ausente en los últimos dos encuentros del campeonato local.
River sufrió una pronta eliminación en la Copa Libertadores y quedó rápidamente sin chances en el torneo. Se vio varias veces superado por sus rivales, y tuvo muy pocos minutos de buen juego. El nivel del equipo bajó, y los rendimientos individuales también. Por eso, Mora no fue la excepción y, al igual que el resto, dejó mucho que desear en un semestre para el olvido.