El último semestre de San Lorenzo se puede resumir en una sola palabra: antagónico. Hubo momentos muy buenos donde el plantel encontró fútbol que iba acompañado de resultados positivos; pero también atravesó tormentas que generaron inestabilidad y ciertas dudas, hasta que llegó la más fuerte y se cargó a Pablo Guede, quien presentó la renuncia a su cargo.
El semestre empezó de la mejor forma, el equipo de Boedo estrenaba nuevo entrenador y como dice el refrán técnico que debuta gana, en esta oportunidad se volvió a cumplir; ya que Pablo Guede en su primer partido oficial al frente de la azulgrana derrotaba a Boca por 4 a 0 y se convertía en campeón de la Supercopa 2016.
En el torneo local de principio a fin siempre la luchó de atrás. Necesitaba conseguir el primer lugar de la Zona A si quería acceder a la final ante el primero de la otra zona para definir al campeón. Si bien finalizó en lo más alto de la tabla de posiciones de su zona, esto lo consiguió en la última fecha y recibió la ayuda de San Martín de San Juan, que derrotó a Godoy Cruz, y así se ubicó primero gran parte del campeonato.
Para llegar a la final en el Monumental ante Lanús, el mejor de la Zona B, atravesó por varios altibajos. La peor crisis se vivió en el club de Boedo cuando quedó eliminado en la Fase de Grupos de la Copa Libertadores y a esto se le sumó las derrotas por el torneo local ante Arsenal y Quilmes. Estos hechos fueron un golpe muy duro para el plantel, pero reaccionaron a tiempo y con siete triunfos consecutivos llegaron a la última fecha con chances de alcanzar la final.
La tarde lluviosa en el barrio de Nuñez es una historia aparte. Aquel domingo de mayo, San Lorenzo mostró la peor cara del semestre y fue derrotado por 4 a 0 ante Lanús que se consagró campeón. Con esta caída el ‘Ciclón’ cerró el semestre y la era Guede, quien renunció a su cargo tras que la dirigencia azulgrana le renovó el vínculo a Juan Mercier.