Ya desde la pretemporada iniciada en enero, el plantel que en su momento comandaba Jorge Burruchaga sabía que sería un año de complicaciones en cuanto a los números, teniendo en cuenta el flojo campeonato que hizo en 2015.

Su actividad en el Torneo de Trancisión 2016, comenzó en el estadio Tomás Adolfo Ducó, cuando visitó a Huracán. Aquella tarde, la Crema inició con el pie derecho, ya que venció al Globo con un gol en contra de Mauro Bogado. Si bien, el elenco de Jorge Burruchaba tuvo un poco de fortuna, el resultado sirvió para generar tranquilidad en los hinchas Celestes.

Posteriormente, la realidad de Atlético fue totalmente diferente, ya que comenzó a acumular una serie de malos resultados, que desencadenaron en la salida de Jorge Burruchaga como director técnico del primer equipo.

Su sucesor fue Juan Manuel Llop, un entrenador con una extensa trayectoria. En principio parecía ser un sinónimo de Jorge Burruchaga, pero esa imagen fue borrada cuando frente a Patronato en la fecha 12, logró cortar la extensa racha sin victorias. Sin embargo, cerró el torneo con cuatro encuentros más sin ganar.

El semestre terminó de buena manera, ya que por los 32avos de final de la Copa Argentina, Atlético de Rafaela eliminó por penales a Ferro Carril Oeste luego de empatar agónicamente en los 90 minutos. La Crema quedaba bien parada en la Copa, pero su situación con los promedios era muy complicada.

En la extensa pretemporada, Juan Manuel Llop hizo una limpieza y armó el equipo de cero. Muchos refuerzos llegaron al club, con Gabriel Gudiño, Gastón Campi, Fernando Luna y Lucas Pittinari como los más gratíficantes.

Posterior al receso, la Crema hizo su debut en el Campeonato de Primera División 2016/17 visitando a Atlético Tucumán en el Monumental José Fierro. Aquella noche, el elenco de Juan Manuel Llop dejó una buena imagen, pese a que el resultado fue adverso.

Los resultados positivos comenzaron a llegar, sacando siete de nueve puntos, ante Temperley, Gimnasia y Rosario Central. En el medio, había enfrentado al elenco rosarino por Copa Argentina, donde el Canalla fue quién avanzó por penales, luego de igualar 2-2.

En la fecha 6, la Crema logró el triunfo más importante del año, cuando venció 3-2 a Racing en un partido emocionante. Daba la sensación de que Juan Manuel Llop había encontrado la formula para subirse a la senda de la victoria.

Sin embargo, los resultados no acompañaron y el buen rendimiento fue cayendo. Atlético de Rafaela se fue hundiendo de a poco en el fondo de la tabla de promedios, contando con un presente difícil de contrarrestar, tanto en lo psicológico como en lo matemático.

Con el correr de los partidos, el equipo fue encontrando nuevamente el funcionamiento, pero no tenía regularidad. Después de vencer con autoridad a San Martín de San Juan como visitante, la Crema perdió de local ante Defensa y Justicia.

En la última fecha de la primera rueda, recibió a Patronato, un rival directo, por el hecho de que el Patrón divide distinto en los promedios. Atlético goleó 3-0, logrando encontrar ese juego agresivo y vertical que no estaba pudiendo consolidar en condición de local. 

Con ésta victoria, finalizaron los rumores de la posible salida de Juan Manuel Llop, quién siempre expresó sus ganas de quedarse. El entrenador siempre aludió esa posibilidad, comentando en toda ocasión sobre el futuro de Atlético de Rafaela.

La Crema volverá a los entrenamientos el 4 de enero, afrontando una dura pretemporada, con el objetivo de mantener la categoría, aunque sea difícil. El Chocho Llop pretende mantener la base de su equipo y a partir de ahí, iniciar la búsqueda de refuerzos.