Atacado por las lesiones y los problemas personales, Junior Benítez nunca llegó a afirmarse en Boca Juniors. Su llegada generó gran expectativa, teniendo en cuenta su gran paso por Lanús. Sin embargo, su desempeño no fue el esperado y sus días en la Ribera parecen estar contados.

El fanático de Boca llegó procedente del Benfica a principios del 2017. La expectativa era alta, pero no venía jugando en el conjunto portugués y tampoco lo hizo demasiado en el Sporting Braga, donde estuvo a préstamo la segunda parte del 2016 y solo jugó 98 minutos. Sin embargo, Guillermo Barros Schelotto veía en él un recambio perfecto para Ricardo Centurión, debido a sus características y el grato recuerdo que tienen juntos en Lanús. Pero todas esas expectativas se fueron cayendo con el correr del tiempo.

Benítez no solo no tuvo muchas chances de jugar en el elenco xeneize, sino que, además, las pocas veces que lo hizo no cumplió lo esperado y en ningún momento fue competencia para Centurión, en el primer torneo, o para Edwin Cardona, en el segundo torneo. 

En su llegada tuvo la chance de jugar tres amistosos de pretemporada con la camiseta xeneize, donde convirtió el único tanto (y el primero personal como jugador de Boca) de la derrota ante Aldosivi por 3-1 en la primer pelota que tocó. Su primer gol oficial llegó en la derrota ante Talleres por 2-1 por el Campeonato de Primera División, donde solo pudo jugar un tiempo a causa de una lesión.

Las ilusiones fueron grandes alrededor de este talentoso jugador, pero la decepción lo fue aún más. Benítez se vio golpeado por las lesiones y algunos problemas personales, que no lo dejaron estar al 100% dentro de la cancha. A eso hay que sumarle que Guillermo, tras la lesiones de Darío Benedetto y Walter Bou, decidió poner a Junior como referencia dentro del área, donde el ex Lanús hizo agua y quedó muy expuesto su flojo desempeño.

A lo largo del 2017, Benítez jugó solo 17 partidos con la camiseta de Boca en el torneo local, donde convirtió solo dos goles y brindó una asistencia. Muy lejos de aquellas estadísticas y el gran desempeño que supo tener en Lanús y lo llevaron a Portugal.