Luego de 5 años, el 8 de marzo del 2017 Godoy Cruz volvió a disputar el certamen continental más importante del continente compartiendo el sexto grupo con AtléticoMineiro de Brasil, Libertad de Paraguay y Sport Boys Warnes de Bolivia. En la primera jornada de la edición 2017, el Tomba empato 1 por 1 con el conjunto brasileño, en el encuentro disputado en el Malvinas Argentinas.
El regusto que tuvo el debut
El bodeguero comenzó con un empate su tercera participación en la Copa Libertadores de América, al igualar 1 a 1 frente a Atlético Mineiro de Brasil, en el arranque del Grupo 6 que también integraban Libertad de Paraguay y Sport Boys de Bolivia. En el estadio Malvinas Argentinas, las cosas empezaron de la mejor manera para el Tomba, que a los 2 minutos ganaba con gol de Javier Correa, que definió un gran contraataque tras un pelotazo de Giménez a espaldas de la defensa visitante.
Pero el elenco brasileño comenzó a recuperarse, tomó el control del partido y pasó a dominar. El empate llegó en el comienzo del segundo tiempo, tras un penal de Abecasis a Elías que Fred envió a la red. El equipo de Lucas Bernardi finiquitó con diez jugadores por la expulsión de Danilo Ortiz.
De esa forma había empezado lo que sería su mejor actuación en dicho certamen porque luego, dio una buena presentación en Asunción, ganándole a Libertad por 2-1, a lo que le siguió la victoria como local ante los bolivianos, por 2-0. En los encuentros de vuelta, venció por un marcador de 3-1 en su visita a Santa Cruz de la Sierra, empata en Mendoza 1-1 con el combinado paraguayo, clasificando así por primera vez a ‹octavos de final› una fecha antes.