Después de sostener una reunión con Matías Lammens, presidente de San Lorenzo, Juan Mercier ha tomado la decisión de no continuar con el vinculo que lo unía al club Cuervo. Así lo comunicó por medio de redes sociales dejando claro siempre Mercier que dicha decisión fue tomada con absolutamente tranquilidad y en los mejores términos.
El Pichi Mercier a sus 38 años decide cerrar un capítulo en su vida, quizá una decisión que le costó mucho trabajo tomar pero con gran convicción de haberlo hecho. Mercier, gracias a sus destacadas actuaciones se llevó en repetidas ocasiones los aplausos de la hinchada Azulgrana.
El 20 de julio del 2012 se oficializó su pase a San Lorenzo, proveniente de un fugaz paso por el fútbol árabe. Al principio en su llegada al equipo de Boedo parecía no estar al 100% en lo físico, sin embargo, con el trabajo fue de a poco recuperando la confianza hasta consolidarse dentro del esquema del equipo, y de a poco fue ganando más rodaje con la llegada de Juan Antonio Pizzi y terminó consolidándose con Edgardo Bauza.
Participó en 184 partidos y ganó tres títulos con la camiseta del Ciclón: dos locales (Torneo Inicial 2013 y Supercopa Argentina 2015) y uno internacional, que sería la Copa Libertadores 2014. Mercier fue pieza clave de aquel San Lorenzo que ganará la máxima competencia continental a nivel de clubes, la primera del club.
Difícil olvidar aquel 23 de julio del 2014 cuando se jugaba la semifinal de ida de la Copa Libertadores 2014 frente al Bolívar de local, donde Mercier anotaría su primer gol con el club y además sería la figura del partido, gracias a su gran participación que jugó por nota, ayudó al equipo de Boedo a vencer a Bolívar en un contundente 5 goles a 0.
Su última participación con San Lorenzo también fue de completo regocijo ya que jugó su último partido con la camiseta del Ciclón el 8 de mayo pasado, en el empate sin goles en Brasil ante Atlético Mineiro, por la Copa Sudamericana festejando la clasificación del equipo a la próxima etapa del torneo internacional.