Allá por el principio del siglo xx, los hermanos Ernesto y Adolfo Celli, Atilio Badalini, Ricardo Cullen Funes y su hermano Guillermo, Geadá Montenegro, Mariano Rodríguez, Helvecio Fontana, Juan Adán Leyes, Juan y Atonio Rebechi, Humberto Sosa, entre otros, eran los nombres de algunos de los chicos que conformaban el grupo de amigos que se reunía en el campito ubicado en la zona del puerto de Santa Fe.
En una tarde de mayo de 1905, los chicos pasan a buscar a Rebechi por la casa para darle forma a la creación, pero la madre les dice que estaba estudiando historia y no podía salir. Al retirarse se acuerdan que su maestra de escuela les había dado como tema para estudiar los viajes de Cristóbal Colón. Aníbal Rebechi propone dar este nombre al club. De esta manera y con la aprobación de todos los integrantes del grupo se pasan a llamar “Colón Foot-Ball Club”. Ese 5 de mayo de 1905, se bautiza un club que había nacido hacía ya tiempo, años atrás, sellando la férrea amistad de un grupo de amigos.
La inundación provocada por el río Paraná en 1905 dejó bajo el agua el habitual campo de juego de los muchachos y junto con ello paralizó las obras del nuevo puerto de Santa Fe. Obra que justamente desde el 10 de octubre de 1904, fecha en que fue colocada la piedra fundacional, amenazaba con inutilizar las extensiones del terreno del cual se habían apropiado los chicos tiempo atrás. Pero mientras tanto, el campito seguía siendo el lugar para jugar de local, ya que era frecuente disputar un picadito frente a otros barrios. Esto dio pie a uniformar los colores de la vestimenta que cada uno de los chicos utilizaba, el rojo y negro de una barcaza fueron los elegidos para representar al querido club.
En un acto más de voluntad y compromiso, comenzaron a reunir fondos a través de colectas para poder pagar las camisetas que habrían de fabricarse en Rosario. Las indicaciones para la misma eran precisas: la mitad del lado derecho negro y la mitad del izquierdo rojo, pero para sorpresa de todos, cuando las recibieron, notaron que hubo un error en su confección. Se invirtieron los colores. Es decir, el lado derecho rojo y el lado izquierdo negro. Lo cierto es que esos colores y su disposición se mantuvieron, ya que todos los integrantes acordaron conservarla.
Al poco tiempo de usarla, se enteraron que otro club del sur de la ciudad usaba casacas similares, por lo que se decidió hacer un partido desafío, y aquel que ganara el encuentro podría quedarse con los colores.
De este humilde origen es de donde proviene el apodo de Colón: el “negro” de Santa Fe.
Dentro de los logros deportivos de la institución se encuentran: la obtención de la Copa de Honor de Primera B Juan Domingo Perón en 1950, el Campeonato de Segunda División Argentina en 1965, un subcampeonato de Primera División Argentina en 1997 y la participación en 7 Copas Internacionales de la Conmebol (Copa Conmebol 1997, Copa Libertadores 1998 y 2010, Copa Sudamericana 2003, 2012, 2018 y 2019), logrando llegar hasta las semifinales en una de ellas.
Como hito personal del club, se encuentra la recordada victoria en 1964 ante el Santos FC de Pelé, que poseía un récord de 43 partidos invicto y era bicampeón intercontinental en ese momento.
Su máximo goleador histórico es Esteban Fuertes con 144 goles en 302 partidos oficiales con la camiseta rojinegra, el jugador extranjero con más presencias y goles en la institución es Iván Moreno y Fabianesi con 35 goles y 218 apariciones. De las divisiones inferiores salieron jugadores como Pedro Pasculli, Hugo Ibarra, José Pastoriza, Agustín Balbuena, Enzo Trossero, Edgardo Di Meola, Lucas Alario, Facundo Bertoglio, Gerónimo Poblete, Germán Conti, entre otros.