El primer título oficial del rojinegro fue en el año 1950 en la Copa de Honor Juan Domingo Perón. Participaron los 12 equipos de la segunda división de Argentina, divididos en dos zonas de 6 equipos cada una. Se jugó a dos ruedas todos contra todos, con un total de 10 partidos por equipo. Los ganadores de cada zona se enfrentaron a un solo encuentro para definir al ganador del certamen.

Colón culminó primero con 15 puntos en su zona mientras que, Unión de Santa Fe, se quedó con el primer puesto de la suya sumando 14 unidades. En una noche calurosa y bajo una intensa lluvia el día 30 de diciembre de 1950 se disputó la final de la copa, en la que el Sabalero se impondría por 4 tantos contra 2 sobre su clásico rival y así se consagraba campeón de un torneo AFA por primera vez en su historia. Los goles de Colón los marcó José Cantelli en dos oportunidades, Juan Carlos Frutos y Ernesto Ferreira; los tantos rojiblancos fueron convertidos por Jacinto Hussein y Juan Carlos Bruzzone.

Su segunda consagración a nivel local se dio en el año 1965 cuando Colón se quedó con el campeonato de la Primera B Nacional y el tan ansiado ascenso a primera división. Para dicho torneo se dispuso la participación de 23 equipos, que jugaron a dos ruedas de partidos todos contra todos, con un total de 46 fechas y 44 encuentros por equipos. Hubo 2 ascensos y ningún descenso. Colón fue el campeón y Quilmes terminó en la segunda colocación obteniendo el segundo ascenso.

Para ese entonces, era toda una novedad un campeonato de segunda división con la participación de 23 equipos ya que, se acostumbraba a la disputa de la B Nacional con una menor cantidad de clubes y encuentros.

En el Torneo Clausura de 1997 Colón cerró su mejor campaña en un torneo de primera división del fútbol argentino quedando en la segunda posición obteniendo el subcampeonato. River se consagró campeón de esta competencia. Participaron 20 equipos, donde jugaron todos contra todos, en una sola ronda de 19 fechas. El equipo riverplatense finalizó primero con 41 puntos mientras que Colón obtuvo el segundo puesto con 35 unidades.