Marco Gastón Ruben nació en la localidad de Capitán Bermúdez (unos 20 km al norte del centro de la ciudad de Rosario), pero vivió toda su infancia y adolescencia en Fray Luis Beltrán (5 km de Rosario), ambas en el norte del Gran Rosario.

Hizo las divisiones inferiores en Rosario Central. A los 17 años debutó con la camiseta Canalla frente a Quilmes. El partido terminó 0-0, el director técnico que hizo debutar al goleador era Ángel Tulio Zof. Su primer gol se lo marcó a Racing en una victoria 2-0.

En aquel semestre, Rosario Central disputó dos torneos internacionales (Copa Sudamericana y Copa Libertadores), entre los dos campeonatos marcó tres goles. Luego de la finalización del Campeonato del Mundo que se jugó en Alemania, vino a jugar al Canalla, el costarricense Paulo Wanchope. El partido en donde se pudieron destacar los dos delanteros fue en el clásico que Rosario Central le gana 4-1 a Newell's, ambos delanteros marcaron y también Eduardo Coudet y Kily González.

Marco cerró su primera etapa en el club de Arroyito con 89 partidos jugados y 23 goles convertidos.

Años después, el goleador Canalla fue comprado por River Plate en cinco millones de dólares. En el Torneo Clausura 2007 jugó 17 partidos y convirtió 3 goles. Durante el Torneo Apertura hizo 4 tantos en 12 partidos; además sumó durante ese 2007 ocho presencias por torneos internacionales.

En enero de 2008, Villarreal de España contrató al goleador. El equipo español pagó 7 millones de dólares por el ex Rosario Central pero inmediatamente fue cedido a Recreativo de Huelva (España) hasta el 30 de junio de 2008. En el Recre convirtió 4 tantos en 14 partidos en sus primeros seis meses, incluyendo dos a FC Barcelona.

Terminado el préstamo con el equipo de la ciudad de Andalucía, Ruben pasó a jugar en el Villarreal B, recién ascendido a Segunda División. Durante el Campeonato 2009/2010, en donde convirtió 18 goles en 31 partidos; el técnico del primer equipo del Submarino Amarillo (Juan Carlos Garrido) lo llama en el mes de febrero del 2010 para disputar 4 encuentros de la Liga y uno por la ida de los dieciseisavos de final de la Europa League. Durante la 2010-11 jugó 47 partidos y convirtió 11 goles entre Liga, Copa del Rey y Europa League; en la primera Villarreal finalizó en cuarto puesto. Para el siguiente año, Ruben continuó desplegando buenos rendimientos, marcando 9 tantos y habiendo jugado en la UEFA Champions League pero el Villarreal esa temporada descendió a la segunda categoría del fútbol español.

En el año 2012, Marco Ruben es transferido a Dinamo Kiev por 14 millones de euros. En este equipo no logró adaptarse, anotando un solo gol en 14 partidos durante la temporada 2012-13. Fue cedido a préstamo a Évian de Francia y con el cual disputó la Ligue 1 2013-14; allí tampoco consiguió regularidad en su rendimiento, ya que sumó 29 presencias (incluyendo Copa de Francia y Copa de la Liga) pero consiguió un solo tanto. Su siguiente destino fue Tigres de México, equipo con el que fue subcampeón del Torneo Apertura 2014 con 10 partidos y sin anotaciones, aunque sí anotó un gol por la Copa México Apertura 2014, en la cual fue semifinalista. En el equipo mexicano no jugaba de nueve, lo hacía de ocho o de diez.

En diciembre de 2014 llegó a Rosario Central, el club de sus amores, después de no ser tenido en cuenta por el Tigres UANL de México. Tras un paso con más pena que gloria dentro del balonpié azteca, se convirtió en el primer refuerzo canalla para la vuelta de torneos largos del 2015. Marco figuraba como una de las prioridades en la lista de refuerzos de Eduardo Coudet, flamante DT del equipo rosarino. Al final de la temporada se consagró goleador del Campeonato de Primera División tras convertir 21 goles en 30 partidos. Uno de ellos lo marcó en el clásico rosarino, donde los canallas derrotaron 1 a 0 por cuarta vez consecutiva a Newell’s Old Boys.​ Sumó además tres tantos por la Copa Argentina 2014-15, en la cual Central fue subcampeón tras perder 2 a 0 ante Boca Juniors con un arbitraje polémico de Diego Ceballos.

En enero del año 2016, la dirigencia canalla decidió comprar la totalidad del pase al Dínamo de Kiev. Ante la reticencia inicial de los ucranianos a transferirlo al canalla, Ruben llegó a amenazar con retirarse de la actividad si la operación no se concretaba. El 15 de enero de 2016 se confirma la compra del delantero por una cifra cercana a los 5 millones de dólares y firma un contrato con Rosario Central por tres años.

También vistió la camiseta de la Selección Argentina en cinco oportunidades y tuvo la posibilidad de marcar dos goles (uno contra Guatemala y otro contra Polonia).