El Boca de Alfio Basile era imbatible. El equipo con el Coco de técnico afrontaba su cuarto torneo, y luego de un duro arranque, consiguió el tan ansiado bicampeonato. Con Martín Palermo como máximo referente y goleador en ese Torneo Clausura 2006, el Xeneize levantó el trofeo y gritó campeón de visitante ante Independiente.
El club de la Ribera venía de obtener el Torneo Apertura del año anterior tras sacarle tres tantos de ventaja a su máximo perseguidor, Gimnasia La Plata.
Boca llegó a la cancha de Independiente con el objetivo de ganar y festejar, y así lo fue. Rodrigo Palacio y Palermo fueron los autores de los dos goles del Xeneize para que el cotejo finalizara 2-0 y el club presidido dirigencialmente en ese entonces por Mauricio Macri consiguiera su título nacional número 22.
Basile también sumaba otro título, y su lista se alargó a cuatro: una Recopa Sudamericana, una Copa Sudamericana y el Torneo Apertura, los tres correspondientes al año 2005. A mitad del 2006 consiguió su quinto y último título con la institución, y luego partió al seleccionado argentino.
Las bases del Boca campeón fueron Martín Palermo, quien fue el goleador del equipo con 11 goles; Daniel Bilos, procedente de Banfield que hizo un gran papel durante todo el torneo; Federico Insúa, baluarte y creador del juego; Rodrigo Palacio, segundo goleador del equipo con 7 tantos; la zaga de centrales estaba conformada por Matías Silvestre y Daniel Díaz, entre ambos marcaron 5 goles a lo largo del torneo; y un Roberto Carlos Abbondanzieri que fue vital a lo largo de los encuentros, debido a que tuvo actuaciones destacadas y solo recibió 12 tantos en 16 encuentros, el resto de los partidos se lo dividieron entre Pablo Migliore y Ezequiel Medrán.
La fecha 5 fue la última en la que Boca vio la derrota, sucedió ante San Lorenzo en La Bombonera por 2-1. De ahí en más tuvo una seguidilla de 14 partidos invictos, en los cuales consiguió 11 victorias (7 de ellas desde la fecha 13 hasta el final del torneo) y 3 empates, completando así la cantidad de 13 encuentros ganados, 4 empatados y 2 perdidos.
Después de este torneo, Boca afrontó el Clausura 2006 con el objetivo de conseguir el primer tricampeonato en su historia. Esto no pudo ser así, ya que el Xeneize perdió la final del torneo ante Estudiantes en una final atípica para nuestro fútbol argentino.