Godoy Cruz logró su primer ascenso a Primera División en 2006. En el torneo Apertura de 2005, el Tomba, que era dirigido por Juan Manuel Llop comenzó con una victoria frente a Belgrano por 1 a 0, con gol de Gonzalo Prósperi. Sin embargo en las cuatro fechas siguientes no pudo volver a sumar de a tres ya que consiguió dos empates y dos derrotas. Esa racha empezó con la igualdad frente a Tigre por 1 a 1 y luego siguió con las caídas contra San Martín de San Juan por 2 a 0 y la Comisión de Actividades Infantiles por 2 a 1. Finalmente empató con Nueva Chicago por 2 a 2 y luego de padecer esos resultados irregulares se inició una gran recuperación porque obtuvo siete victorias consecutivas ante: San Martín de Formosa, Chacarita, Aldosivi, Huracán, Atlético de Rafaela, Talleres y El Porvenir.

Después de ese camino triunfal, el Expreso igualó sus dos compromisos frente a Defensa y Justicia y Huracán de Tres Arroyos. Luego de ese breve descanso, le ganó a Ferro Carril Oeste por 4 a 1 y a Juventud Antoniana de Salta por 1 a 0 pero tuvo una sola desilusión cuando cayó con Almagro por 2 a 0. Rápidamente se sacó esa espina por sus victorias frente a Unión de Santa Fe y Ben Hur para cerrar una gran campaña. Por este destacado ciclo, ganó el campeonato Apertura.  

Por su parte, en el Clausura de 2006, el Bodeguero no mantuvo ese nivel  a pesar de que logró tres triunfos al hilo al vencer al Pirata, al Matador y al Verdinegro en las primeras jornadas. Nuevamente la CAI fue el verdugo porque le ganó por 1 a 0 pero en la jornada siguiente salió adelante con una victoria ante el Torito de Mataderos. Ese triunfo no apagó las dudas porque padeció dos nuevos traspiés ante la Franja y el Funebrero. En la fecha siguiente sumó tres puntos de nuevo por derrotar al Tiburón por 3 a 2 pero no produjo el cambio deseado ya que consiguió ocho empates y tres derrotas. Consiguió una unidad en sus cotejos contra el Globo, la Crema, Huracán de Tres Arroyos, el Verdolaga, Antoniana, el Tricolor, el Tatengue y el Lobo. Sus caídas fueron ante el Albiazul cordobés, el Halcón y el Porve.

Con esta última participación el Tomba no llegaba con el mejor semblante a las finales del ascenso contra el cuadro de Mataderos, quien ganó el Clausura de 2006. En el primer duelo, disputado en el estadio República de Mataderos, con un tanto de Federico Higuain Chicago igualó 1 a 1 contra Godoy Cruz. Sin embargo en la revancha que se jugó en el Malvinas Argentinas, la formación comandada por el Chocho Llop ganó 3 a 1, con los tantos de Diego Villar y Daniel Giménez, en dos ocasiones. Con este triunfo clave, el Expreso ascendió por primera vez en su historia a la máxima categoría. El equipo mendocino que consiguió este logro estuvo compuesto por: Sebastián Torrico; Gonzalo Prósperi, Josimar Mosquera, Osvaldo Bordicio, Silvio Duarte; Matías Arce, Mariano Torresi,  Enzo Pérez, Gastón Martina, Diego Villar;  Daniel Giménez.

Unos años más tarde, su segundo y último ascenso  se produjo en 2008, bajo las indicaciones del  Checho Sergio Batista en primer lugar y luego con Daniel Oldrá. En la primera ronda de ese certamen,  bajo el ciclo de Batista, en la primera fecha empató 1 a 1 frente al cuadro de Florencio Varela. Después, en la segunda jornada, venció por 3 a 2 a Almirante Brown, pero en su visita a San Martín sufrió su primera derrota contra Chacarita por 3 a 2. A pesar de ese tropiezo, se levantó velozmente a través de sus dos triunfos seguidos ante Belgrano e Instituto.

No obstante, padeció un nuevo temblor ya que sus nuevos verdugos fueron Rafaela, Unión y el  Azurro de Comodoro Rivadavia. La pesadilla culminó una vez más con sus dos victorias ante Oeste y Tiro Federal, más la igualdad contra Platense, 1 a 1. En la duodécima fecha el equipo de Tres de Febrero le ganó por 3 a 2, aunque el Bodeguero mejoró con su triunfo contra Aldosivi por 2 a 1. Este encuentro fue el último que dirigió Batista para el Tomba ya que desembarcó en la Selección Argentina y su puesto lo ocupó el Gato Oldrá.  El despegue no pudo producirse en el siguiente choque porque Talleres lo superó por 3 a 2.

Luego de ese traspié comenzó una gran evolución porque consiguió tres victorias al hilo contra Independiente Rivadavia, Ben Hur y el Cervecero. El final del 2007 no fue el ideal porque sufrió dos tropiezos frente a San Martín de Tucumán y el Torito de Mataderos. Unas semanas después, el regreso a la competencia comenzó de la mejor forma porque sumó siete puntos por sus triunfos ante Defensa y el Funebrero, más la igualdad con la Fragata. El Pirata se vengó del Expreso ya que lo derrotó por 3 a 0. Sin embargo, los dirigidos por Oldrá se reacomodaron y consiguieron 12 puntos por superar a la Gloria, Atlético, Unión y la CAI.

Por cuatro jornadas, la victoria estuvo ausente debido a que padeció una caída con Ferro y empató tres compromisos con el Tirolense, el Calamar y Almagro. Como una buena señal, dejó atrás esa racha y le ganó al Tiburón, a la T y al Azul. El Lobo y Quilmes, con su victoria y su empate respectivamente, no lo dejaron ascender pero ante el Santo pudo lograrlo. Con el 2 a 0 frente al Ciruja volvió a subir a la Primera División y en su última presentación en la B Nacional igualó 1 a 1 ante Nueva Chicago.

Hace 13 años, con esta gran campaña Godoy Cruz retornó a la máxima categoría y no volvió a descender. En ese enfrentamiento contra el San Martín tucumano, el conjunto tombino salió a la cancha con: Nelson Ibáñez; Guillermo Franco, Marcelo Barrera, Darío Salomón, Gerardo Solana; David Ramírez, Nicolás Olmedo, Daniel Garipe, Martín Aguirre, Ariel Rojas; Leandro Caruso.