Llegó en 2012 a cambio de 1.400.000 dólares por el 80% de su pase, siendo una apuesta a futuro. Sin embargo, pocas fueron las oportunidades que tuvo en Boca Juniors de justificar esa inversión. Sin embargo, tras buenas actuaciones en la Reserva se ganó un lugar en la consideración de Guillermo Barros Schelotto para afrontar la última parte del año. Una vez que entró, no salió más.
La zona defensiva era la parte más vulnerable del equipo del Mellizo Barros Schelotto, quien había probado diferentes variantes y ninguna le había respondido. Las flojas actuaciones de Juan Manuel Insaurralde, sumado a algunos problemas de conducta, llevaron al técnico a buscar variantes dentro del propio plantel antes de que finalice la primera parte del año. Ahí surgió la chance de Lisandro Magallán, quien no la desaprovechó.
Desde ese momento, el surgido de las inferiores de Gimnasia y Esgrima La Plata se ganó un lugar entre los once titulares y la llegada de Paolo Goltz al plantel lo ha hecho crecer favorablemente. Hoy es una fija para Guillermo y un jugador con gran proyección, por el cual la dirigencia a rechazado ofertas tentadoras de Europa.
Magallán no es el jugador al que acostumbra ver el hincha de Boca, férreo, de presencia inquebrantable. Es más bien un defensor que juega simple, seguro y con la pelota al piso. Tampoco tiene gran presencia aérea a la hora de ir a buscar un centro al área rival. Pero, con sus 24 años, le llevó tranquilidad y seguridad a una defensa débil y quebrantable.
Sin dudas, Magallán fue otra apuesta que salió bien, lo demostró este 2017 y, todo indica, que lo seguirá haciendo el próximo año en la Bombonera.