Si hay que marcar un ejemplo de no bajar los brazos ante una adversidad, podremos marcar un nombre que representa claramente esto. Tras casi 10 meses alejado de las canchas, Javier Pinola volvió a las canchas a principios de 2017 y terminó por redondear su semestre de gran manera, siendo convocado nuevamente a la Selección Argentina y logrando su transferencia a River Plate.
Tras un intento fallido de volver a las canchas en el mes de diciembre del 2016 (en un entrenamiento tuvo un choque ante Hernán Menosse, que le motivó el resentirse de su lesión en el tobillo), Pinola se propuso recuperarse y en el mes de febrero, durante un amistoso ante Vélez Sarsfield, volvió a tomar contacto con el balón.
Su primer partido oficial en la temporada, se dio en el reinicio del torneo el 12 de marzo en la derrota por 1-0 ante Godoy Cruz en el Gigante de Arroyito. Pinola fue uno de los jugadores destacados y dejó en claro sus intenciones de volver al nivel mostrado en su llegada al club.
En el semestre, el defensor central de la Selección nacional disputó 14 partidos (1180 minutos), en los cuales vio tres tarjetas amarillas y una roja (ante Banfield, y de manera polémica). Su buen rendimiento motivó a que Jorge Sampaoli lo citara para la gira por China y Singapur, a la cual no pudo asistir debido a un cuadro gripal y por recomendación médica.
El final del semestre no fue el mejor para el Pelado, ya que vio la roja ante Banfield y por aquellos días se comenzó a hablar en torno a su futuro. La salida del club terminaría siendo de mala manera, incluso con amenazas hacia su persona en la fachada del colegio al que asistían sus hijos en Rosario.