A temporada 2016 para Jonathan foi de instabilidade, semelhante à do Fluminense. O lateral-direito iniciou o ano como titular absoluto sob o comando de Levir Culpi, mas foi afastado de forma repentina no segundo semestre. Em entrevista ao Lance, o jogador afirmou ter sido injustiçado:

''Tudo isso que aconteceu, ser titular em jogos seguidos e depois ser sacado até do banco, deixa claro que não teve nada a ver com parte física e técnica. A atitude da diretoria e do treinador de me afastar, eu não sei dizer qual foi a justificativa. Fui injustiçado por ter uma personalidade forte, mas saio de cabeça erguida. Fiz bons amigos e agradeço o Fluminense por ter abrido as portas para mim. Saio sem ressentimento de ninguém do clube e desejo toda a sorte do mundo'', afirmou.

Perguntado se houve algum conflito com o até então técnico Levir Culpi, Jonathan negou: ''Não houve nenhum atrito entre mim e ele. Apenas ele tomou a decisão de me afastar de três jogos, me colocar na reserva e eu respeitei e foi isso. Eu fui profissional, tinha o comandante que na época era o Levir, ele tomou a decisão de me tirar do time e consequentemente dos jogos e eu acatei. Ele deu uma justificativa para mim que eu estava mal fisicamente e eu fui atrás do fisiologista, busquei os números e tenho também os scouts e o fisiologista que eu estava na média do Campeonato Brasileiro. É difícil de explicar o que aconteceu, mas eu respeitei a decisão e continuei treinando e trabalhando.''

Havia a expectativa da permanência do jogador para 2017, já que ocorreram mudanças na diretoria e na comissão técnica, porém, a situação tornou-se irreversível: ''Até mesmo o torcedor sabe que minha saída do Flu não é por questões físicas ou técnicas. Eu respeito a posição da diretoria. O que me restou foi esperar meu contrato acabar. Eles têm os motivos deles para não terem renovado comigo.''

Apesar do longo período de inatividade – não atua desde o dia 17 de julho –, o jogador afirmou estar bem fisicamente e à procura de um novo clube: ''Estou 100% recuperado. Agora estou com um personal para me manter no peso e tentar chegar o mais perto possível daqueles atletas que terminaram o ano jogando. Tem algumas conversas, nada muito certo. Me vejo em plena forma para estar atuando em times do primeiro porte do futebol brasileiro. Sempre joguei em grandes clubes. Minha experiência, aqui no Brasil e na Europa, pode contar muito. Aprendi muito lá fora. Me considero outro jogador desde que atuei na Europa. Os clubes do Brasil estão evoluindo e é válido exaltar os treinadores do Brasil que buscam se atualizar no exterior observando treinos e jogos.''

Por fim, Jonathan deixou um recado para a torcida do Fluminense: ''Quero deixar os meus agradecimentos à torcida. Quero agradecer por terem me apoiado e dizer que ouvi muito coisa, que eu não queria renovar, que pedi muito alto, mas quero deixar claro que em nenhum momento teve algum tipo de conversa. Não entramos em negociação para discutir valores nem nada. O Fluminense apenas me comunicou que não tinha interesse em renovar comigo. Nem entramos em negociação. Agradeço a torcida, agradeço ao clube, todos funcionários, tenho amigos ali dentro e desejo que o ano de 2017 possa ser maravilhoso para o clube.''