Ao chegar no século XXI, o Botafogo estimava um futuro promissor. Em franca ascensão com o inédito título do brasileirão em 1995, a torcida só crescia e dentro de seus domínios, no estádio Caio Martins, era um dos mandantes mais fortes do país. Apesar disso, campanhas ruins na elite nacional, o rebaixamento em 2002 e somente o primeiro título apenas em 2006 culminaram em tempos sombrios para o Fogão na primeira década do novo milênio.

Ainda assim, mesmo com dificuldades financeiras provocadas por má gestões e poucos troféus, o Botafogo viveria uma época mais estável a partir de 2007. Ganhando de brinde o moderno Estádio Olímpico João Havelange - Engenhão - o alvinegro retomaria as boas campanhas no Brasileirão, onde neste período, jogadores notáveis ganhariam o status de ídolo no clube. Em 2010 Loco Abreu foi o primeiro a atingir tal rótulo, dois anos mais tarde seria a vez de Seedorf, o maestro do time mais habilidoso do período. Antes da nova queda, Jefferson se consagraria como um dos maiores goleiros da história do clube, batendo recordes de jogos (459) e partidas memoráveis.

Largada frustrante (2000-2006)

De cara, o Botafogo sagrou-se um dos grandes times do país que mais corria riscos de rebaixamento a partir de 2000. Na Copa João Havelange daquele ano, o clube ficou em 20º, de 29 times totais. No ano seguinte, a 23ª colocação livrou o Glorioso da queda nas rodadas finais, mas foi em 2002 que o inevitável aconteceu: o rebaixamento para a série B, e pior, na lanterna da competição. Sem outra alternativa, conseguiu rápido o acesso à elite, junto do Palmeiras, no ano seguinte.

Apesar de ter retornado para a primeira divisão, em 2004 uma nova campanha ruim quase decretou a volta do Botafogo para a série B: 20º colocado, com um ponto a mais que o Criciúma. Já no ano seguinte as coisas melhoraram, e com um time surpreendente, o Bota ficou na parte de cima da tabela pela primeira vez, terminando em 9º. Durante todo esse período o clube não conquistaria títulos estaduais, o que foi quebrado em 2006, onde o Alvinegro terminou a temporada sem sustos, em uma tranquila 12ª colocação, rendendo-lhe vaga para a Sul-Americana.

Como fator importante, o Caio Martins deixa de ser a casa do clube em meados de 2004, e com isso, o Botafogo manda boa parte dos seus jogos no Maracanã, tendo como demais opções o Luso Brasileiro e o recém reformado Raulino de Oliveira.

Estabilidade e evolução (2007-2013)

Se a primeira parte da década não foi boa, a partir de 2007 as coisas melhoraram. O Botafogo participa do primeiro torneio internacional dos anos 2000 (Sul-Americana), novamente faz boas campanhas na série A (9º/2007; 7º/2008; 6º/2010; 9º/2011; 7º/2012 e 4º/2013). Única exceção à regra foi a temporada 2009, onde o clube terminaria em 15º, numa corrida contra o rebaixamento marcada pelas grandes atuações de Jóbson.

Durante 2007, 08 e 09, o Botafogo acirraria com o Flamengo os três títulos cariocas, porém todos ficaram para o arquirrival. O troco viria em 2010, com a cavadinha de Loco Abreu e o título encima dos Rubro-Negros. Nesse período, "El Loco" se consagraria como o principal jogador do clube, somando 73 gols em 103 partidas, até meados de 2012. O goleiro Jefferson também ganharia destaque ao defender o pênalti de Adriano Imperador, enquanto a partida ainda estava empatada.

Pela primeira vez no G-4, o ano de 2013 foi mágico. O Glorioso estava classificado para a Libertadores e na mesma temporada foi campeão estadual. Com Seedorf em campo, o Botafogo jogava o futebol mais vistoso dos últimos tempos e a torcida se animava com a retomada do clube naquela época.

A queda é livre (2014-2020)

O salto conquistado em 2013 parece ter custado demais ao clube. o Botafogo é lanterna em seu grupo, com apenas uma vitória em seis jogos, e no Brasileirão é rebaixado em 19º, como vice-lanterna. O novo rebaixamento culminou na saída de jogadores importantes, tendo como grande legado, a permanência de Jefferson, cotado para ser o titular da Copa do Mundo, mas que jogaria a segunda divisão nacional pelo clube.

A volta, assim como em 2003, foi rápida. Campeão da série B, retornou com estilo e em 2016 foi 5º lugar. Os problemas financeiros pareciam ter dado trégua quando nos anos seguintes, mais duas campanhas sólidas foram conquistadas: 10º (2017) e 9º (2018). Grande susto no período foi a temporada 2019, quando em 15º, o Botafogo se livrou por pouco de um novo rebaixamento.

Grande ápice da época, foi a Libertadores 2017, quando a equipe lidera sua chave, passa pelo Nacional/URU e cai somente para o Grêmio, nas quartas-de-final. O time gaúcho seria o campeão daquela edição e a campanha motivou o clube a bater recordes de público. Também nessa época a rivalidade com o Flamengo se eleva, principalmente após o rival adquirir seu estádio-sede (Luso-Brasileiro) e transformá-lo na "Ilha do Urubu", além de contratar de forma polêmica o volante William Arão, que saiu brigado do clube. Após esses casos, o Alvinegro troca a identidade de seu estádio, que se chamaria Estádio Nilton Santos - Niltão, em homenagem ao ex jogador e ídolo histórico do Glorioso.

Nessa reta final, o Botafogo seria campeão estadual em 2018, desbancando o Vasco, porém desde então passou de fase em apenas uma vez nos quatro turnos jogados até 2020. No ano passado, o clube apostou de forma ousada nas contratações internacionais: Keisuke Honda e Salomon Kalou chegaram para impulsionar o marketing do Glorioso.

Apesar disso, o time que teve 7 técnicos na temporada, passou longe de qualquer troféu e atualmente figura na 19ª colocação do Brasileiro. Honda já deixou o clube e Kalou é considerado o pior reforço do ano, e com uma grave limitação financeira que ameaça o futuro do time, o Botafogo joga suas últimas fichas até fevereiro.