No dia 25 de janeiro de 2007 o Cruzeiro conquistava pela primeira e única vez o título da Copa São Paulo de Futebol Júnior. Depois de bater na trave duas vezes, o time celeste superou o São Paulo, nos pênaltis e sagrou-se campeão. O goleiro Rafael foi o único destaque daquela conquista que ainda permanece na Raposa.
O Cruzeiro começou a competição no Grupo I, tendo enfrentado Amparo-SP, Portuguesa-SP e Náutico-RR na fase inicial. O time mineiro não perdeu nenhum confronto e avançou de fase na primeira colocação do grupo, com sete pontos somados, sendo eles duas vitórias e um empate. Foram nove gols marcados e apenas um gol sofrido.
Na fase seguinte, o Cruzeiro enfrentou o Corinthians e despachou o maior detentor de títulos da Copa São Paulo para casa. Em jogo complicado, os mineiros superaram os paulistas pelo placar de 3 a 2. Os gols celestes foram marcados por Anderson - duas vezes - e Guilherme.
Oitavas de final: Cruzeiro supera Vitória
Nas oitavas de final, a Raposa enfrentou o Vitória, que se classificou avançou de fase depois de eliminar o Juventude. O placar foi novamente apertado, mas o Cruzeiro venceu os baianos por 2 a 1. Dessa vez foram Jonathas e Vinícius que garantiram o triunfo azul e branco.
Quartas de final: goleada celeste
Encarando o São José-SP, a equipe cruzeirense não tomou conhecimento dos adversários e aplicou uma sonora goleada nas quartas de final da competição. A Raposa venceu os paulistas por 6 a 2 com direito a hat-trick de Guilherme e tentos de Wellington, Carlos e Pablo.
Semifinal: com emoção e superação
A semifinal foi uma partida eletrizante. O São Bernardo-SP eliminou o Santos na fase anterior e chegou com os ânimos renovados para enfrentar o Cruzeiro. No jogo de nove gols, a equipe mineira superou os adversários pelo placar de 5 a 4 e Jonathas se tornou o herói da classificação com três tentos marcados. Anderson e Marcos assinalaram os outros dois gols.
Final: nos pênaltis, Cruzeiro garante o título da Copa SP
Adversário do Cruzeiro na última partida da competição, o São Paulo havia eliminado o Rio Branco-SP, São Bento-SP, Fluminense e Atlético-PR em sua trajetória na Copinha. Adversário complicado, os mineiros abriram o placar com gol de Ânderson e os paulistas empataram a partida já nos acréscimos com gol de Thiago.
O placar foi o suficiente para levar a partida para as penalidades máximas. Guilherme, Jonathas, Simões, Luiz Fernando, Wellington e Paulinho converteram as seis cobranças celestes e Bruno César, do Tricolor Paulista, teve sua quinta cobrança defendida pelo goleiro Rafael, com os pés, e assim o Cruzeiro se sagrava campeão da Copa São Paulo pela primeira e única vez em sua história.