Atlético Nacional tuvo un corto camino en la Copa Águila 2017 ya que fue sembrado desde octavos de final junto a Independiente Medellín, Santa Fe y Millonarios por haber sido los equipos colombianos representantes de la Copa Libertadores del mismo año.
La primera fase se desarrolló entre los meses de marzo y mayo hasta que llegarían los octavos de final entre julio y agosto, cuyo primer rival del equipo de Juan Manuel Lillo fue el Atlético Huila quien previamente había superado su fase de grupos al Deportes Tolima, Deportes Quindío y Deportivo Pereira.
El partido de ida se disputó en el Atanasio Girardot con un juego bastante cerrado y que solamente fue desequilibrado por el goleador de siempre Dayro Moreno, quien marcó los dos goles que le entregaron el triunfo a Nacional por 2-0 para viajar con tranquilidad a Neiva.
El juego de vuelta se disputó en un caluroso estadio Guillermo Plazas Alcid, con victoria parcial del verde gracias a la anotación de Andrés Sarmiento que aprovechó un rebote dejado por el guardameta huilense Breiner Castillo. Sergio Almirón empató por la vía del penal, pero no le alcanzó al equipo opita para seguir en el camino de la Copa.
Patriotas fue el verdugo
Nacional llegaba a cuartos de final como el favorito contra Patriotas que venía de caer eliminado muy dignamente en la Copa Sudamericana ante Corinthians de Brasil. La ida jugada en La Independencia de Tunja arrojó una sorpresiva victoria boyacense por 3-2 donde el "Rey de Copas" logró empatar dos veces con anotaciones de Dayro Moreno y Andrés Rentería pero que al final Edis Ibargüen terminó de darle la ventaja mínima al local.
En la vuelta, los verdes empataron la serie con un gol de penal cobrado por Dayro Moreno, pero en el segundo tiempo los dirigidos por Lillo se desinflaron en su fútbol y terminaron cayendo con un contragolpe letal finalizado por Mauricio Gómez a 15 minutos del final.
Entre silvidos por parte de la afición del Atanasio Girardot se fue despedido Atlético Nacional de la Copa Águila y fue el comienzo de la devacle nacionalista no solamente en resultados sino en fútbol durante el resto de su trasegar en la Liga.