En el inicio del semestre no se tenía claro la continuidad del volante del Deportivo Independiente Medellín. Fue él, Juan Fernando, quien en sus redes sociales confirmó que continuaba 6 meses más en el equipo antioqueño.
Las especulaciones sobre la continuidad de Juan Fernando Quintero se dieron dado a que el jugador llegó al DIM proveniente del Porto por un préstamo de seis meses con algunas cláusulas que, de no ser cumplidas en un tiempo determinado, podría alargarse otros seis meses más cumpliendo así el préstamo total por un año.
Debido a que en el fútbol de los Estados Unidos estaban interesados por el jugador, el 'poderoso' debía esperar a que los tiempos de dichas cláusulas se vencieran; después de no llegar a un acuerdo con los interesados, el DIM reconfirmó al jugador.
Durante la Liga Águila 2017-II, Quintero se vio afectado por varias lesiones que no le permitieron rendir en su máximo nivel y le impidieron jugar compromisos claves para el cuadro paisa, como la final de la Copa Águila ante Junior. Sin embargo, luego de jugar 10 partidos, el jugador fue el mayor anotador del Deportivo Independiente Medellín con 5 tantos.
Por el mismo medio en que confirmó su continuidad, Quintero anunció su salida del equipo, el jugador se despidió con 15 goles en lo corrido del año y con el siguiente mensaje: "Gracias infinitas Deportivo Independiente Medellín por todo lo que me has dado. Gracias absolutas por abrirme tus puertas, permitirme crecer como persona y como jugador profesional. Entregué lo máximo de mí hacía ti".
Ahora el jugador todavía pertenece al Porto y se encuentra resolviendo su futuro para este 2018 que podría ser en el fútbol estadounidense donde se interesaban por él desde el inicio del semestre.