Andrés Felipe Mosquera Guardia nació en Turbo, en el departamento de Antioquia el 20 de febrero de 1990. Debutó profesionalmente en el Independiente Medellín en 2008, que en ese entonces era dirigido por Santiago 'Sachi' Escobar donde jugó tres partidos en ese año.
Aunque, el defensor central después no contó con mucha continuidad, ya que entre 2009 y 2012 sólo jugó un partido (2009) por lo cual fue cedido en 2012 al recien descendido en tal época, América de Cali, donde si tuvo una buena participación, jugando 29 partidos.
Por esto mismo, cuando volvió al equipo en 2013, Andrés Mosquera tuvo muchas más oportunidades en el primer equipo, jugando en total 187 partidos y marcando nueve goles entre el 2013 y 2017. Su polivalencia jugando primeramente como lateral derecho, pero afianzándose como central, lo llevaron a ser una pieza importante en el equipo y eso atrajo a equipos del exterior. Sin embargo, los directivos decidieron no dejarlo ir, así que hizo parte del plantel que consiguió el título en el semestre 2016-I de la mano de Leonel Álvarez, en la que no tuvo muchas participacionse, pero después de la consagración, Mosquera retornó a la titularidad y no solo se consolidó en el equipo titular, sino que también se convirtió en uno de los referentes del club.
En este último semestre el antioqueño jugó solamente cinco partidos, cuatro en Liga Águila y uno en Copa Sudamericana. Los cuales fueron contra Millonarios, Deportivo Pasto, Envigado y Huila, mientras en la Copa Sudamericana jugó el partido de ida en 'El Cilindro' de Avellaneda donde Medellín perdió 3-1.
Días antes del partido de vuelta contra Racing Club, Andrés Mosquera dejó el Poderoso para unirse al Club León de México, donde ha tenido una destacada participación en el club de Guanajuanto, donde hasta ahora suma 21 partidos y un gol y cada día se afianza como uno de los mejores defensores del país.