Después de su segundo ciclo con Envigado, y tres semestres con 25 apariciones y seis anotaciones entre 2018 y 2019, el Club Emelec de Ecuador anunció la incorporación del talentoso volante antioqueño Alexis Zapata para las próximas cuatro temporadas, adquiriendo el 50% de sus derechos deportivos, y buscando un exitoso papel en las competiciones internacionales que enfrentará el conjunto eléctrico en la temporada 2020, además de buscar incesantemente el título 15 de liga local, esquivo desde 2017, y opacando la pobre actuación de la más reciente liga ecuatoriana en la que se consagró Delfín.
Zapata llegó a la cantera de héroes para el torneo clausura de 2018, tras un tenue paso por Millonarios, donde jugó ocho partidos y no anotó ningún gol, incluso siendo campeón de la Liga Águila 2017-2. El equipo antioqueño lo regresó a la vitrina internacional, tal como lo hizo en 2013, año de su debut, y que le sirvió para arribar en el fútbol italiano incorporándose a las filas del Udinese, conjunto en el que apenas jugó un partido. Sin embargo, en el Perugia de las segunda división italiana, Zapata logró jugar 27 juegos y marcar en tres ocasiones, antes de regresar a Colombia.
Ya con la camiseta de Emelec, Zapata jugará la primera fase de Copa Sudamericana, enfrentándose al equipo boliviano Blooming, teniendo en cuenta que el combinado ecuatoriano nunca ha ganado un título internacional y viene de quedar eliminado en los octavos de final de la Copa Libertadores 2019 ante el campeón Flamengo. Para eso, el surgido en Envigado, contará con su experiencia en selección nacional Sub-20, con la que participó en el Campeonato Mundial de la categoría en 2015.
Según el portal Transfermarkt, Alexis Zapata tiene un valor de 900.000 Dólares en el mercado internacional, llegando a valer 1,18 millones de Dólares en la temporada 2014, justo cuando dio su salto a Europa. A eso se le suma que será el colombiano número 11 en vestir la camiseta de Emelec; el más reciente fue Estéfano Arango en 2018.