El 2016 fue un año de altibajos para Independiente Santa Fe. Empezaron con el título de campeón del continente, debido a la obtención de la Copa Sudamericana y tenían el objetivo de seguir ganando títulos. La Copa Águila era un título que se le estaba haciendo esquivo al león, venían de ser subcampeón en 2014 y 2015, cuando perdieron la final ante Deportes Tolima y Atlético Junior respectivamente.

Después de pasar por dos técnicos, Gerardo Pelusso y Alexis García, el expreso rojo reencontró a Gustavo Costas como 'timonel'. El equipo estaba encontrando el rumbo y la copa fue un trofeo que anhelaban. Empezaron el camino ante Deportes Quindío al que vencieron desde el punto penal. En cuartos el rival a vencer fue Equidad Seguros, rival que no fue tan complejo y Santa Fe pasó a semifinales con un 3-0 en el marcador global.

Para la semifinal el rival fue Atlético Nacional, para el momento el campeón de América, desde hacía dos meses. Santa Fe viajó a Medellín con 18 jugadores, venía de ganar por liga ante Alianza Petrolera, con gol de taco de Anderson Plata.

  • Las alineaciones

Atlético Nacional: Franco Armani; Alexis Henríquez, Francisco Nájera, Gilberto García, Edwin Velasco; Diego Arias, Mateus Uribe, Juan Pablo Nieto; Jhon Mosquera, Miguel Borja, Arley Rodríguez. D.T: Reinaldo Rueda.

Independiente Santa Fe: Leandro Castellanos; Javier López, Héctor Urrego, Horacio Salaberry; Jordy Monroy, Yeisson Gordillo; Jonathan Gómez, Anderson Plata. D.T: Gustavo Costas.

  • Los goles y amonestados

Goles: Jonathan Gómez al minuto 44 para Santa Fe y Arley Rodríguez al minuto 63 para Atlético Nacional.

Amonestados: Arley Rodríguez (29'), Juan Pablo Nieto (82'), Armani (88'), Nájera (90') en Nacional. En Santa Fe Héctor Urrego (29'), Jonathan Gómez (45'), Javier López (57'), Cristian Borja (67') y Yeisson Gordillo (82').

  • Lo que pasó después

Atlético Nacional terminó ganando la Copa Águila; vencieron a Santa Fe y en la final al Atlético Junior. El primer campeón terminó siendo el último campeón de Colombia, debido a que ganó la Liga Águila después de eliminar a Independiente Medellín, Atlético Nacional y vencer al  Deportes Tolima en la gran final.