El jugador nacido en Medellín el 2 de junio de 1987 comenzó su carrera deportiva en Leones F.C. en 2011, donde luego pasaría al Once Caldas en el que se mantuvo durante cuatro años en los periodos desde el 2012 hasta 2016, donde consiguió 9 goles en total con el Blanco Blanco, mostrando un buen desempeño y una gran polivalencia en el campo. pudiendo jugar como defensa central, lateral y volante de marca.
Por su desempeño en el Once Caldas, Independiente Medellín adquiere sus derechos en el año 2017, donde es presentado junto a los futbolistas de desempeño discreto Christian Nazarith y Jhonier Viveros.
Lopera en su primer semestre, estaría a las ordenes del entrenador argentino Luis Zubeldía, pero vería muy poca acción con tan sólo cinco juegos en Liga Águila y uno en Copa Libertadores, donde se remarca que en ninguno de los seis juegos que disputó fue titular, en todos salió desde el banquillo.
La salida de Marlon Piedrahita hacia el Junior de Barranquilla, el regular rendimiento de Elacio Córdoba y el pésimo partido de Carlos Valencia contra Racing de Avellaneda, sería el paso definitivo para que el antioqueño se hiciera con la titular de la lateral derecha del Poderoso para el torneo que se avecinaba.
A pesar de que en la anterior semestre Jonathan Lopera sólo había jugado un total de cinco partidos de Liga Águila, en este semestre se consagró en la posición de lateral derecho bajó el mando de Juan José Peláez e Ismael Rescalvo, después del despido del primero.
En total, el medellínense de treinta años disputó 17 de los 20 partidos de Liga que disputó El Poderoso en el segundo semestre del año, donde en todos arrancó de titular, también sumó siete partidos de copa y uno en Copa Sudamericana.
El lateral o volante consiguió dos goles a lo largo del torneo a pesar de estar en una posición defensiva en el campo. Ambos goles fueron en Liga Águila; uno en la caída del Medellín 2-1 frente a Rionegro Águilas y otro en la victoria 3-1 contra Alianza Petrolera en la fecha 17.
En los últimos días la dirigencia del Independiente Medellín decidió no renovarle el contrato a Jonathan Lopera que se vencía el 31 de diciembre de este año, por lo tanto abandonó la institución al igual que otros seis jugadores del DIM que sufrieron el mismo camino. Deportivo Pasto adquirió los derechos deportivos del jugador de 30 años para el 2018-I, donde también compartirá vestuario con un ex-Medellín, el lateral izquierdo campeón con el cuadro antioqueño en dos ocasiones (2009-II y 2016-I), Luis Tiptón.