El ahora técnico del Baskonia vuelve a la que fue su casa durante muchos años, el OIímpic de Badalona. El entrenador madrileño ahora dirige al equipo de Vitoria, el Baskonia.
Sito Alonso fue al Joventut la temporada 2005-06, para ser el entrenador ayudante de Aíto Garcia Reneses. Sito fue durante tres temporadas el ayudante de Aíto, de la temporada 2005-06 a la 2007-08. En la última temporada de Aíto (2007-08), en la cual, Sito era el técnico ayudante, el Joventut ganó la Copa del Rey celebrada en la que ahora es su casa, el Buesa Arena, la ULEB Cup y la Liga Catalana. En su primera temporada como segundo, la 2005-06, también consiguió ganar la FIBA Eurocup.
Después de la marcha de Aíto, el club verdinegro decidió que sería Sito Alonso el encargado de dirigir al Joventut. El entrenador madrileño empezaba bien como primer entrenador, ganando la Liga Catalana en el mes de septiembre. En la Liga ACB, no le fue nada mal a Sito, consiguiendo la quinta plaza, con 22 victorias y solo diez derrotas. En los playoff por el título, el Real Madrid eliminó al por aquel entonces llamado DKV Joventut en cuartos de final. En aquella temporada, Sito consiguió clasificar al equipo para la Copa del Rey, pero cayeron eliminados ante el Estudiantes en cuartos de final. En la Euroliga, el Joventut se quedó a una victoria para clasificarse para el Top 16.
En la segunda temporada de Sito, las cosas no fueron tan bien, tras la marcha de Ricky Rubio en el verano del 2009 al FC Barcelona. Además de Rubio, otros tantos jugadores de la Penya se marcharon. El 3 de marzo de 2010 fue destituido de su cargo como primer entrenador del DKV Joventut tras una mala racha de resultados que finalizó en Grecia, ante el Aris Salónica en la Eurocup. Tras su marcha, Sito, dejó al Joventut noveno clasificado con 11 victorias y 12 derrotas. Su relevo en el Joventut fue Pepu Hernández.
Después de unos años inactivo, el entrenador madrileño, fichó por el Gipuzkoa Basket el verano del 2011. Con el Gipuzkoa Basket, hizo una gran temporada, convirtiendo así, al equipo vasco como el equipo revelación de la temporada, consiguiendo clasificar al Gipuzkoa para la Copa del Rey y los playoff. Las dos siguientes temporadas también las pasó en San Sebastián.
En el verano del 2014, Sito fichó por el Bilbao Basket, donde estuvo dos temporadas hasta la pasada campaña consolidando un gran proyecto en el equipo de Bilbao. El pasado verano, el Baskonia llamó a Sito para hacerse cargo del equipo vitoriano, Sito aceptó.