Joakim aterrizó en la NBA con 22 años, en el año 2007. En su primera campaña logró acabar con 6.6 puntos y 5.6 rebotes de media. Poco a poco fue avanzando hasta que la llegada de Tom Thibodeau a los Bulls le cambió la vida.
Noah supo encajar a la perfección en el esquema de su nuevo entrenador, y vivió sus mejores años a la órdenes de coach Tom. La mejor temporada del pívot fue la 2013-2014 en la que logró terminar con un doble-doble de promedio (12.6 tantos y 11.3 rebotes por encuentro). Estas estadísticas elevaron al 'Samurái' a los altares de la mejor liga de baloncesto de todo el planeta.
Muchos expertos y periodistas especializados de la NBA llegaron a considerar al baloncestista un posible candidato al MVP de la temporada. Sin embargo, nada es para siempre y la mala suerte comenzó a perseguir a jugador francés. La temporada 2014-2015 fue la última de Thibodeau en Chicago, y tras caer en semis de la Conferencia Este dejó de ser entrenador de los Bulls.
Desde entonces, Joakim ha sufrido numerosas lesiones que le han impedido rendir al máximo nivel. El pasado verano firmó con los New York Knicks con el objetivo de volver a ser un pívot decisivo y determinante. Sus 4 puntos y 8.1 rebotes de media en 15 partidos disputados no terminan por convencer al entrenador neoyorquino Jeff Hornacek, que además no ha podido contar con su jugador por lesión en un total de cuatro partidos. No cabe duda, que la suerte no acompaña a Noah en la actualidad.
En declaraciones recogidas por el medio americano ESPN, el jugador reveló detalles sobre la importancia de Thibodeau en su carrera: "Siempre me decía que le echaría de menos cuando se fuera. Tenía razón", sentenció Joakim Noah.