Hans-Joachim Watzke es secretario general del Borussia Dortmund desde el 15 de febrero del 2005 y tiene contrato vigente hasta el 2022, se le nombró en ese puesto en el pleno apogeo de la crisis económica del club, y se le atribuye de haber salvado al club. Dicho problema se dió luego de ganar la Liga de Campeones de la UEFA; los dueños del Borussia idearon un plan en el que el club ‘creceria’ pero tanto fue el fallo que amenazó con desaparecer al equipo. Intentaron vendiendo jugadores pero al final lo que les dio vida fue un trato con el estadio ahora llamado Signal Iduna Park, lo vendieron a una mobiliaria y fueron dando plazo a pagos hasta poder recomprarlo en 2017, pero en 2005 y 2006 el club no pudo pagar la total venta y entonces apareció el banco de inversión estadounidense Morgan Stanley para rescatar al club y concedió un crédito de 79.2 millones de euros, también entró a formar parte del accionariado del Borussia. Con la recompra total del estadio, un patrocinio con una aseguradora de la ciudad (Signal Iduna), la venta jugadores y un recorte del 20 % en los contratos de sus jugadores, el club libró esa pesadilla. Desde entonces, el Westfalenstadion lleva el nombre de Signal Iduna Park, un nombre que recuerda desde 2005 todo lo que se hizo mal en esa época.
Años después de aquel fatídico episodio Watzke reconoció recibir amenazas en su largo recorrido en el fútbol, esto fue lo que dijo:"Ha habido varias amenazas de muerte claro, incluso algunas se hicieron públicas pero uno no debe dejarse impresionar. Es algo que quizás forme parte de la sociedad de hoy en día. Uno debe vivir con eso y si uno tiene miedo, entonces tiene seguramente un problema”.
El año pasado el Borussia sufrió un ataque terrorista previo a un partido de competición europea, el jugador Marc Bartra resultó herido.