Este particular club, fue fundado en julio de 2005 por aficionados del Manchester United que estaban disgustados con la adquisición del club por parte de Malcolm Glazer y que provocó la renuncia de varios hinchas a sus abonos anuales en Old Trafford.
El 8 de julio de 2005, más de 4.000 personas habían contribuido económicamente en la creación del FC United.
Karl Marginson fue nombrado primer presidente de la historia del club, realizando él mismo los cástines para escoger los jugadores que conformarían la plantilla. Más de 900 personas participaron en ellos, aunque solo 17 fueron finalmente escogidos para formar parte de la plantilla. Hoy en día, ninguno de ellos sigue en el club.
El FC United logró ser admitido en la segunda división de la North West Counties Football League, correspondiente al décimo nivel del fútbol inglés y nueve divisiones por debajo de la Premier League, una de las ligas más potentes del mundo. Había cuatro plazas disponibles para clubes en esa liga, por lo que la admisión del FC United no supuso ningún inconveniente.
Tras proclamarse campeón liguero por dos temporadas consecutivas, el club lograba ascender a la Northern Premier League, octava división del fútbol inglés. En la temporada 2007/08, finalizaron la liga en segundo lugar, lo que les permitió disputar unos play-offs de ascenso. Allí, consiguieron batir al Skelmersdale y lograr su tercer ascenso consecutivo.
Neil Reynolds es el actual entrenador del club desde octubre de 2018.
A partir de 2008, el FC United se consolidaría en la séptima división, aunque rozó en hasta cuatro ocasiones el ascenso, siendo eliminado en todas en los play-offs. El FC United no tuvo un buen comienzo de temporada en el año 2014, sumando 12 puntos en sus primeros ocho partidos, sin embargo, una racha de 21 partidos sin perder, le valieron para situarse como líder de la competición y sellar finalmente su ascenso a la sexta división.
El FC United realizó la hazaña más importante de su historia en el año 2010,cuando en la 1ª ronda de la FA Cup consiguió eliminar al Rochdale United, equipo de la League One. Finalmente, fueron eliminados en la segunda ronda por el Brighton de Gustavo Poyet tras una igualada eliminatoria que bien pudieron ganar los Red Rebelds.
El club decidió jugar sus partidos como local en el estadio del Bury, con la excepción de algunos, en los que el Bury y el FC United jugaban de locales y a la misma hora, provocando que este último haya disputado sus partidos como local en Moss Lane, estadio del Altrincham; Staiton Park, estadio del Radcliffe Borough y en Bower Fold, del Stalybridge Celtic. Finalmente, en mayo de 2015, inaugurarían su nuevo hogar: Broadhurst Park. Fue en un amistoso contra el Benfica en conmemoración por la final de la Copa de Europa del año 1968. El estadio tiene capacidad para 4.400 espectadores y costó 6,5 millones de libras, aunque la gran mayoría del dinero fue aportado por los propios hinchas del club.
El FC United es propiedad de los aficionados, y así se hace ver en todas las tomas de decisiones que al club le corresponden.
En su primera temporada, el club tuvo una media de 3.000 aficionados en sus partidos como local, la segunda más alta de un club amateur. Durante estos últimos años, la afición del FC United of Manchester se ha ganado a pulso la fama como una de las mejores aficiones del fútbol inglés, no sólo por su fidelidad, sino por su perseverancia a la hora de animar al equipo frente a las adversidades. Quizá el Manchester United o Manchester City tengan prestigio y dinero, pero el FC United, tiene algo mucho mejor: su afición.