El central de 24 años no ha viajado con el United a Rotterdam, donde disputarán el primer partido de la fase de grupos de la Europa League. Durante el comienzo de la temporada, el inglés no estaba teniendo protagonismo y es uno de los jugadores de campo que todavía no han jugado ni un minuto junto con Matteo Darmian, Timothy Fosu-Mensah, y Bastian Schweinsteiger, Michael Carrick, Marcos Rojo y Ashley Young.
De hecho, desde el 22 de julio en el amistoso contra el Borussia Dortmund, el defensor no disputa ni un minuto. Algo similar le pasó durante la anterior campaña, donde los problemas de tobillo y en su pie limitaron sus apariciones. Jugó sólo 6 choques de Premier como titular y 4 como suplente además de ser titular en un partido, y suplente en otro, de Champions. Las lesiones han sido uno de los puntos negros de su carrera y esta vez vuelven a aparecer en la temporada.
Pese a que en el Manchester United llegó a jugar de lateral derecho en las temporadas anteriores, el buen comienzo de la línea defensiva formada por Valencia, Bailly, Blind y Shaw le pone un peldaño por debajo del ya mencionado Darmian y Chris Smalling, junto con Marcos Rojo. Esta situación provocó que en verano el jugador nacido en Preston buscara una salida. La llegada de José Mourinho con Eric Bailly debajo del brazo le alejó aún más de los minutos que tanto buscaba y Stoke se planteó su fichaje.
Finalmente, el club de Stoke-On-Trent se hizo con los servicios de Martins Indi dejando a Jones en el United al menos durante una temporada más. Otro equipo que se interesó en Phil Jones fue el Arsenal, que terminó fichando a Shkodran Mustafi. Ahora, tras tener un comienzo de carrera demoledor llegando a Old Trafford por 19 millones de libras con tan solo 19 años, parece que el central primero tendrá que recuperarse de la lesión de rodilla y después intentar conquistar una plaza en el once de José Mourinho.