El de Linyola llegó al Barça procedente del Bellpuig. En las siete temporadas que estuvo en las categorías inferiores del FC Barcelona, superó los 800 goles, siendo uno de los máximos goleadores de la historia en todas las categorías del club.

Bojan siempre ha militado en categorías superiores a las que le correspondería por edad. Este método fue asimilado del Ajax de Ámsterdam y usado con algunos de los jugadores de mayor proyección, de forma que se les obliga a superar la adversidad de jugar ante adversarios más fuertes físicamente y así su técnica, su carácter y su inteligencia sean lo que les lleve al éxito.

De este modo, la campaña 2005-2006, en que formaba parte del Cadete A, consiguió 32 tantos en 26 partidos, por lo que ascendió al Juvenil B. Dada su progresión no tardó en subir al Juvenil A, que, por entonces, se jugaba el campeonato de liga con el Espanyol y fue Bojan quien con un gol en la última jornada le dio el título al conjunto azulgrana.

No sólo ostenta estos registros, Bojan rompió todos los récords de precocidad. Debutó con el primer equipo azulgrana de la mano de Frank Rijkaard con sólo 16 años, en un amistoso contra el Al-Ahly egipcio. Durante aquel partido, el futbolista demostró su olfato goleador cuando marcó el segundo tanto de su equipo. El primer gol oficial llegó el 21 de octubre de 2007, ante el Villarreal. El de la Terra Ferma tenía sólo 17 años y 51 días y superaba a Messi como goleador más joven de la historia del Barça en la Liga. También lo hizo en la Champions, con una diana contra el Schalke 04 que, además, le convirtió en el segundo goleador más joven de la Champions hasta 2008.

La feroz competencia que tenía en la delantera, compartió cartel con Eto'o, Henry, Ibrahimovic y Messi, le impidió tener minutos y en cuatro temporadas marcó 26 goles.

Después de ser uno de los mejores goleadores de la historia de la cantera azulgrana, Bojan se despide definitivamente del club, después de varias cesiones en el AS Roma, en el AC Milan y en el Ajax de Ámsterdam. Finalmente, ha decidido dejar el club que le vio crecer para buscar suerte en la Liga inglesa.

Los mejores goles de Bojan Krkic en el fútbol base del FC Barcelona